grep を使おうぜ!【計算化学】

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構造最適化後や反応経路探索の後に、すべての座標を一点計算する場合があると思います。その時面倒なのが、大量の log ファイルの解析です。

一点計算後のエネルギーだけ欲しいが、いちいち log ファイルを開いてエネルギーを見るのは不便!

そんな時、 grep が役立ちます!

まずは新規にフォルダを作成し、一点計算が終了した log ファイルをまとめます。 terminal 上でそのフォルダへと移動し

などと入力してみてください。すべてのファイルのエネルギーが得られます。
これは、ダブルクオーテーションで囲った語句を含む行を表示するというコマンドです。大文字、小文字も区別されますので、正確に入力してください。(手打ちよりコピー&ペーストをお勧めします。)

mac を使っている場合は、option を押しながら選択することでエネルギーの部分だけ選択しコピーすることができます。
あとは、excel などに貼り付けるだけで簡単にエネルギーを計算することができます。

応用

grep には様々なオプションがあり、使いこなせればかなり強力です!

grep コマンドでは、大文字と小文字を区別するため、上記の例で

と入力しても、望みの行は見つかりません。

ここで、 i オプションを使うと大文字小文字を区別しなくなります。

と入力すれば、各段階のエネルギー情報が手に入ります。

もっと応用

さらにメタ文字を使うことにより、検索条件をさらに限定することができます。

量指定子の * や + 、語の先頭や末尾を指定する \< や \>などなど。。。

Gaussian や GRRM では、log ファイルの編集はそれほど必要ないため、正規表現を知らなくても大丈夫ですが、Amber の結果を編集する際には必須です!!

この辺は、また別の記事としてまとめたいと考えています。
 

筆者はコンピュータにはあまり詳しくなく、プログラミングも初心者です。
間違いなどありましたらコメントまたはメールにて教えていただければ幸いです。

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