分子をきれいに表示するには

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Gauss view で表示した 3 次元モデルをスライドなどで使う場合、ちょっとした工夫で見栄えが良くなります。

1. 原子半径を小さくする

Gauss View のデフォルト設定では原子半径が大きく、一見して何を表しているのか理解が困難です。Gauss View の View > Display Format > molecule(タブ) > scale Radii で 35 % を選択しましょう!原子半径を少し小さめに表示している方が見た目が良いです。Kendal Houk などの論文を見ても、原意半径をデフォルトよりも小さく表示させている場合が多いです。この表示方法では、X 線結晶構造の図と似てしまうので、計算で得た構造であることをきちんと明記しましょう!

molecule
また、この表示方法では原子間の距離を見誤りやすいという問題点があります。原子半径を 100 % にしてみると近く見える場合でも、30 % にして表示してしまう場合は少し離れて見えます。解析等を行う場合は、この点にも注意が必要です。スライドに使用する場合には 30 % 表示を勧めますが、普段の解析時には誤解しにくい表示を選ぶと良いと思います。

2. 背景の色を統一する

Gauss View の View > Display Format > Background Color から背景色を指定することができます。この時、 RGB 指定しましょう。目で見て背景色を指定するとばらつきが生じてしまいますが、RGB では、16 進法で色を指定するため、そのようなことは起きません。

3. 透過処理をする

keynote ではアルファという透過処理の機能が付いていますが、分子と背景の境界も少し消えてしまうため、若干見栄えが悪いです。
透過処理には Image Magic を使用することをお勧めします。
Image Magic の mogrify で 2 で指定した背景色を透過することができます。mogrify で透過処理した場合は、分子と背景の境界部分が消えてしまうことがなく、きれいに仕上がります。

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