有機触媒を用いた nitromethane の cinnamaldehyde へのマイケル付加の理論解析の論文が J. Phys. Chem. A に出ていました。今回の論文では溶媒効果や触媒再生機構を計算機上でうまく再
Read moreカテゴリー: 一般的な話題
正宗・Bergman 環化の計算化学【エンジイン】
抗腫瘍活性を持つ天然物化合物の calicheammicin や dynemicin にも見られる Enediyne 構造の環化反応である正宗・Bergman 環化の詳細な理論解析の論文が J. Phys. Chem.
Read more機械学習を利用した IR スペクトルの解析
機械学習や深層学習を利用した論文が次々に出てきていますが、全く新しい何かを達成したという感じの論文はまだまだ少ないような気がします。 先日紹介した CNN を利用したコンフォメーション探索もそうですが、既存のアプローチで
Read moreGTX1080 Ti 2 枚挿し + Threadripper 1950x in Thermaltake core x9
3 ヶ月ほど前の記事で、Threadripper の自作に関する記事を二つほど書きました。 当時は gaussian の benchmark を取ることが最優先でしたので、PC ケースに入れずに使っていました。 参考:T
Read moreリン酸化反応の QM/MM
J. Phys. Chem. B. にイソペンテニル二リン酸のリン酸化関与する IPK の QM/MM 計算の論文が出ていましたので、簡単に紹介します。 “Reaction Mechanism of Isop
Read moreニューラルネットワークを利用した粗視化シミュレーション コンフォメーション探索
最近、人工知能(AI)に対する関心が非常に高まっています。 以前見た NHK のドキュメンタリー「人工知能は悪魔か天使か?」では、すでに実社会で応用されている AI が紹介されていました。 もっとも有名なのは囲碁や将棋の
Read more遷移状態の自動探索プログラム
遷移状態の自動探索に関する論文が Journal of chemical theory and computation に出ていましたので、簡単に紹介したいと思います。 著者を見ると Schrödinger の方が多い
Read more計算化学での MS スペクトルの予測
近年、計算化学による NMR スペクトルの予測が非常に一般的になってきており、計算化学を専門としない人でも容易に利用できるようになりました。その一方で、MS の計算の仕方はまだまだ一般的ではないと思います。 計算化学によ
Read moressh 時の locale エラー対処方法
自分で構築した計算機やスーパーコンピューターにリモート接続するときに、以下のようなエラーが出るときがあると思います。 -bash: warning: setlocale: LC_CTYPE: cannot change
Read more化学反応でのトンネル効果の影響
“トンネル効果” と聞くと、量子力学的現象であって、有機化学反応とは関係ないと思われるかもしれません。 確かに化学や生物の教科書ではあまり目にしないかもしれませんが、トンネル効果が大きく関わってい
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