並列計算機を自作する際に、まず最初に考えなくてはならないのがパーツ選びです。 どの CPU を選ぶかで自作並列計算機の方向性は大きく決まりますが、そこからは予算とも相談しながら マザーボード、メモリ、グラフィックボード、
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Gaussian のスクラッチファイル
Gaussian での計算中には、複数のスクラッチファイルが生成します。しかし、それぞれのファイルがどのような役割なのか、どうやって削除・保存するのかを知っている人はほとんどいないと思います。 そこで、本記事ではスクラッ
Read moreGaussian 16 を自作 PC で動かしてみた!
先日の記事で自作 PC で Gauss View 6 を動かしてみました。 今回は、Gaussian 16 を自作 PC で動かしてみた時の様子について述べさせていただきたいと思います。g16 と g09 についても振動
Read more100 記事を記念して
いつもこのウェブサイトを訪問して頂きありがとうございます。 今回の記事が記念すべき 100 記事目となります。固定ページなども合わせると 140 ページくらいあるのですが、blog 形式での投稿は今回の投稿で 100 記
Read more計算化学での非共有結合相互作用 (NCI)
多くの実験科学者が計算化学もこなす現在、化合物の構造最適化くらいは誰でもできるという時代になってきました。 しかし、大変残念なことに、学会等を見ていると計算方法や解析方法が正しくないことも少なくありません。 例えば、水素
Read more自作 PC で Gauss View 6 を動かしてみた
前回の記事では、先日作った自作 PC にCUDA ToolKit 8.0 をインストールしました。その後、Gaussian16、Gauss View6、Amber16、pymol、Gromacs、Autodock など様
Read moreCUDA ToolKit 8.0 のインストール【Fedora25】
管理人は、計算化学についてのブログを開設しているにも関わらず、GPU を用いた並列計算や Deep Learning の経験がありません。 そのため、自身で自作 PC を作成し GPU 並列計算や Deep Learni
Read moreFedora25 に nVIDIA のドライバーをインストール
GPU を用いた並列計算や Deep Learning のため、先日自作 PC を作成しました。 今回は、nVIDIA の ドライバーのインストールについて書きます。 先日の記事では Scientific Linux を
Read more自作 PC を作ってみた!【OS 編】
前回の記事では、自作 PC のハードウェアのセットアップのみ書きました。 今回は、OS のインストールについて書きます。 OS は Scientific Linux をインストールしました。当初は、無難に Ubuntu
Read moreGPU を用いた並列計算
近年、GPU を用いた並列計算が非常によく研究されています。Amber などの分動力学計算でも用いられていますし、今年発売されたGaussian 16 もGPU を用いた並列計算に対応したことから、注目度の高さとその有用
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