光化学反応を研究している大学院生です．Gaussian16で遷移状態の高精度エネルギー計算を行おうと思っているのですが，うまくいきません．

DFT b3LYP 6-31++G(d,p)を用い，QST2法で反応物と生成物から遷移状態の構造を計算しました．その構造を用いて，CBS-QB3法でエネルギー計算を行いました．すると，遷移状態の構造が構造最適化されてしまい，生成物の構造が出力されました．また，エネルギーも生成物のものが出力されてしまいました．もちろんキーワードとしてoptを入れているわけではありません．

構造最適化を済ませたchkファイルを読み込ませれば良いとの情報を得て試したのですが，同様の結果になりました．

遷移状態構造のCBS-QB3法によるエネルギー一点計算はどのように行うのでしょうか？ある論文では，遷移状態のエネルギーもCBS-QB3法によって求めており，原理的には不可能ではないと思っています．
また，そもそもエネルギー計算しかできない計算方法なのに，なぜインプットした構造が変わるのか疑問に思いました．

お忙しいところ恐れ入りますが，ご存知でしたらご教示お願い致します．
最後になりましたが，このようなサイトを作っていただき，大変感謝しております．いつも参考にさせていただいています．