遷移状態のCBS-QB3計算ができません
光化学反応を研究している大学院生です.Gaussian16で遷移状態の高精度エネルギー計算を行おうと思っているのですが,うまくいきません.
DFT b3LYP 6-31++G(d,p)を用い,QST2法で反応物と生成物から遷移状態の構造を計算しました.その構造を用いて,CBS-QB3法でエネルギー計算を行いました.すると,遷移状態の構造が構造最適化されてしまい,生成物の構造が出力されました.また,エネルギーも生成物のものが出力されてしまいました.もちろんキーワードとしてoptを入れているわけではありません.
構造最適化を済ませたchkファイルを読み込ませれば良いとの情報を得て試したのですが,同様の結果になりました.
遷移状態構造のCBS-QB3法によるエネルギー一点計算はどのように行うのでしょうか?ある論文では,遷移状態のエネルギーもCBS-QB3法によって求めており,原理的には不可能ではないと思っています.
また,そもそもエネルギー計算しかできない計算方法なのに,なぜインプットした構造が変わるのか疑問に思いました.
お忙しいところ恐れ入りますが,ご存知でしたらご教示お願い致します.
最後になりましたが,このようなサイトを作っていただき,大変感謝しております.いつも参考にさせていただいています.
管理人様
ご返信ありがとうございました.
前回貼り付けたinputファイルは,遷移状態の構造を入力して計算したものを貼り付けました.また,タイトルセクションはこの掲示板に貼る際に,省略してしまいました.紛らわしくなってしまい申し訳ありません.
調べる中で,CBS-QB3計算は,構造最適化計算が一連の計算の中に入っていることが分かりました.
ご指摘の通り,chkファイルを読み込めるようにし,様々なキーワードを試してみましたが,うまくいったものはありませんでした.
以下のように数撃ちゃ当たる精神で(間違っているものもあると思います…)色々試してみましたが,すべて構造最適化されるもしくは計算が走りませんでした.
chkファイル読み込み
・# cbs-qb3 geom=allcheck
・# cbs-qb3 noopt geom=allcheck
・# cbs-qb3 SP geom=allcheck
・# cbs-qb3 opt=maxcyc=0 geom=allcheck
・# freq b3lyp/6-31++g(d,p)//cbs-qb3 geom=allcheck
・# cbs-qb3 guess=read geom=allcheck
TS構造をGauss Viewで読み込み,新たにchkファイルを作る
・# cbs-qb3 guess=read geom=connectivity
・# cbs-qb3 guess=only geom=connectivity
・# cbs-qb3 opt=TS geom=connectivity
・# freq b3lyp/6-31++g(d,p)//cbs-qb3 geom=connectivity
QST2計算にCBS-QB3も入れてしまう
・# opt=qst2 freq b3lyp/6-31++g(d,p)//cbs-qb3 geom=connectivity
まだ何か検討すべき余地,もしくは間違いなどがありましたら,ご指摘いただけると嬉しいです.
Gaussianのサポートに直接問い合わせてみようと思います.回答がいただけたら,こちらに投稿いたします.
お時間を割いてくださり,大変ありがとうございました.
そのキーワードだけだと chk ファイルの読み込みが出来ていないと思います。
freq=readfc とか guess=read とか geom=check とか chk ファイルを読み込むキーワードを色々調べてみて下さい。
あと、キーワードセクションと電荷・多重度の間にタイトルセクションを入れて下さい。
参考として貼って頂いた blog をみますと、”If you want to obtain a G3 energy of a transition state, or a minimum calculated using any basis set other than 6-31G(d), you will need to start the G3 job from a checkpoint file from a frequency calculation containing a geometry and force constant matrix (Hessian) computed previously at your preferred level of theory.” と書いてあります。
一応確認ですが、今回使用している chk ファイルは、qst2 計算の後に freq 計算した時の chk ファイルですか?
また、geom=connectivity は不要だと思います。(ONIOM などで MM を使う場合は、geom=connectivity を使った方が良いそうですが。。。)chk ファイルから座標を読み込むときは、geom=check を使い、座標情報を input に書く必要はありません。参考に貼って頂いた blog では geom=allcheck を使用しています。これだと、座標以外にも電荷、多重度、タイトルセクションなども読み込まれるため、input ファイルをさらに省略することができます。
ご参考になれば幸いです。
管理人様
早速のご返信ありがとうございます.
logファイルのキーワードセクションは以下の通りで,optは入っておりません.
—————————
# cbs-qb3 geom=connectivity
—————————
座標の読み込みも,ちゃんと遷移状態のものが読み込まれており,インプット用のgifファイルをGauss Viewで開くと,遷移状態の構造が表示されます.
インプット用のgifファイルは以下のようになっています.
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%nprocshared=6
%mem=56GB
%chk=C:¥G16W¥Scratch¥ 省略 ファイル名.chk
# cbs-qb3 geom=connectivity
0 1
座標
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以下のブログ記事でも,同じような状況が現れているようです.書いてある方法を試しましたが,うまくいきませんでした.
思い当たる点などありましたらご教示お願いします.
うまくURLが貼り付けられませんでした.こちらのブログ記事です.
https://moki.hatenablog.com/entry/2016/08/02/100311#