NCIplotのvmdによる可視化について
いつもこちらのサイトにお世話になっております。
現在、gaussian16で計算したとある遷移状態の相互作用を様式を見ようと、こちらのサイト(https://computational-chemistry.com/top/blog/2017/04/04/non-covalent-interaction/)を参考にNCIplotを行いました。
しかしながら、vmdで可視化した結果は全ての相互作用が一様に真っ青になっていました。
そこでNCIplotの計算方法が良くなかったのかなと思い、色々とnciファイルを書き換えてみたのですが、やはり全ての相互作用が青(アトラクティブな強い相互作用)として出力されてしまいます。
C-H…π結合などの弱い相互作用も青く表示されるため、何かおかしいと思うのですが、全くわからない状態です。
もしよければ、管理人様のお知恵をお借りできないでしょうか。?
ご多忙かと思いますが何卒よろしくお願いいたします。
かに さんが質問