GRRMのlogファイル解析法 PART1

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GRRMのlogファイルは、そのままではGauss viewで開くことが出来ず、解析には少し時間がかかります。しかし、Gauss Viewのファイル形式を認識している人ならば、GRRMのlogファイルをGauss Viewで開けるように出来ます!

この記事では、GRRMのSADDLE、2PSHSの2つのlogファイルの見方について解説します。その他のものに関しては“GRRMのlogファイル解析法 PART2”で解説します。

 

手順1. logファイル内で最適化後の座標を見つける。

SADDLE計算のlogファイルをtext editorで開いて下さい。

最初に、

という部分がありますが、ここは無視です。

その次に、”# ITR. 0″とあり、ここから最適化計算が始まっているのが分かります。座標の下には、energyなど書いてあります。

筆者の環境では、GRRMをgaussianと組み合わせて使用しています。(おそらく、論文化を考えるとこれが一番無難な組合わせと思われます。)

Maximum Force 、RMS Force、Maximum Displacement、RMS DisplacementがThreshold以下になれば最適化終了というのは、gaussianと同じです。というか、GRRMはenergyなどは外部ソフト(今回の場合はgaussian)に計算させています。

構造最適化が終わりますと”Optimized structure”が表示されます。

“optimized s”と検索すれば、すぐに最適化後の座標まで飛べます。

手順2. Gauss View形式のファイルを作る。

つぎに、terminalで.comを作成して下さい。

“vi ◯◯◯◯.com”で作成できます。

作成したファイル内に次のものを書き込んで下さい。

“0 1″というのは電荷とスピンですので、適宜変更して下さい。”0 1″のあとに1でコピーした最適化後の座標を貼付けて下さい。

Gauss Viewは、キーワードセクションとtitle行のみあればファイルを認識しますので、これでSADDLE計算の結果をGauss Viewで見ることが出来ます。

2PSHSも同様の手順で、Gauss View用のファイルに変換することが出来ます。

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