GRRMのlogファイル解析法 PART2

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前回の記事に引き続き、GRRMのlogファイルの読み方を解説します。

今回は、IRCのlogファイルです。

 

手順1.遷移状態、中間体の座標を探す。

IRC計算のlogファイルをtext editorで開いて下さい。IRC計算の開始座標は、遷移状態構造なので、”initial s”で検索します。そうするとinitial structureが見つかり、その下に遷移状態の座標があります。

次に”optimized s”で検索しますと、optimized structureが2つ見つかります。片方は、Forward側、もう片方はReverse側の中間体の構造です。

これらの座標に前回の記事の手順2と同様の操作を行なえば、Gauss Viewで見れるようになります。

 

手順2.動画の作成。

記事作成中

 

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