Supporting Informationの座標作成

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計算化学の結果を論文にする時、Supporting Information(以下SI)に座標情報を載せる必要があります。
SIの書式はGaussianのinputファイルやlogファイルとは異なっており、体裁を整える必要があります。

 

 

Gaussian の input ファイルでは、次のようになっています。

supporting information 用では、各列の間を次のように狭め、二段組みにしなくてはいけません。

しかし、一行ずつスペース幅を調節するのは面倒ですし、mac の option を利用した選択、word などでの 置換操作を駆使しても時間がかかります。こういったルーティーン作業は、プログラムを作成してコンピューターにやらせてしまうのが良いです。

 

今回は、input ファイルの元素、座標をすべて正規表現で読み込み、SI 用のスペース幅で出力するというソフトを配布します。
必要なのは、電荷・スピンの情報と原子数のみです。
 

 

 

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