Gaussian の logファイルの読み方【Gaussian】

本記事では、初心者の人向けに gaussian の log ファイルの読み方を解説します。

まず、計算が終了したら log ファイルを text editor で開いて下さい。terminal が使える方は、vi で開いてみてください。

正常終了かどうかを確認

logファイルの一番最後を見てNormal terminationのメッセージがある場合は、計算が正常終了しています。

O WAD SOME POWER THE GIFTIE GIE US
TO SEE OURSELS AS OTHERS SEE US.....
IT WOULD FRAE MONIE A BLUNDER FREE US,
AND FOOLISH NOTION...
WHAT AIRS IN DRESS AND GAIT WAD LEA'E US,
AND EV'N DEVOTION....

(ROBERT BURNS 'TO A LOUSE')
Job cpu time: 0 days 22 hours 20 minutes 21.5 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 2019 Int= 0 D2E= 0 Chk= 27 Scr= 1
Normal termination of Gaussian 09 at Sat Oct 24 16:51:57 2011.

計算が正常終了していない場合は、エラーメッセージが書いてあります。エラーへの対処は、また別の記事で紹介します。

また、この部分には計算にかかったCPU時間が書いてあります。個々に書いてある時間を、使用したcore数で割ると実際の計算時間が大体分かります。

また、計算が正常終了した際には、Gaussianが詩を読んでくれます。全ての詩のパターン知りたい人は以下の記事を参照してください。

参考: Gaussian の詩

最適化構造を確認

Ctr + Fを使って “optimized” で検索するとoptimised parameterのところへと飛びます。

                           ----------------------------
                           !   Optimized Parameters   !
                           ! (Angstroms and Degrees)  !
 --------------------------                            --------------------------
 ! Name  Definition              Value          Derivative Info.                !
 --------------------------------------------------------------------------------
 ! R1    R(1,2)                  1.5043         -DE/DX =    0.0                 !
 ! R2    R(1,12)                 1.4323         -DE/DX =    0.0                 !

ここから少し下の方へ行くと下のような座標が書かれている所へたどり着くはずです。

---------------------------------------------------------------------
Center Atomic Atomic Coordinates (Angstroms)
Number Number Type X Y Z
---------------------------------------------------------------------
1 6 0 0.203685 -0.131383 0.304852
2 6 0 1.351836 -1.035737 0.661021
3 6 0 3.007014 1.892223 -0.188642

supporting informationに貼付ける座標情報はこれでも良いと思います。Gauss viewで一度開いて座標ファイルを保存するのも良いでしょう。

ちなみにGauss Viewでlogファイルを開くと最適化後のこの座標が表示されます。

最適化計算の途中経過

Gauss Viewで最適化計算の途中経過をみるには、file>openで”Read Intermediate geometry…” という所にチェックを入れるようにして下さい。logファイルをGauss Viewにドロップして開くと、途中経過のファイルは表示されません。

次に、Result>Optimizationを選択して下さい。構造最適化の過程でどのようにエネルギーが変化しているかを見ることが出来ます。

logファイルをtext editorで見る場合は、 “Converged”で検索してみて下さい。構造最適化計算では、各段階で4つの項目が全てがThreshold以下になっているかを確認する必要があります。ちなみに、4 つの値がそれぞれ何を意味するかについては、<a href=”https://computational-chemistry.com/top/blog/2016/10/21/opt_threshold/”>こちらの記事</a>で解説しています。

構造最適化後の座標

計算終了後の最終的な座標は、log ファイルの末尾に一行の文字列で書かれています。まずは下画像のような文字列の塊を見つけてください。

この座標の読み取り方については、詳しくは以下の記事を参照してください。

参考: GRRM の振動計算の結果を Gauss View で可視化する!

振動計算の結果

振動計算の結果は、以下のように書かれています。Gauss View の Vibration と対応させながら見るとわかりやすいと思います。

詳しい変換方法や検索の仕方は、以下の記事を参照してください。

参考: 虚振動に沿って動かせ!【IRC最後の一手】

NBO 計算の log ファイル

NBO 計算のファイルの見方については、以下の記事で詳しく解説しています。

log ファイル解析ソフトも配布しています。

参考: NBO解析の結果の見方
参考: NBO 計算結果の可視化方法!

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