Supporting Informationの座標作成

計算化学の結果を論文にする時、Supporting Information(以下SI)に座標情報を載せる必要があります。
SIの書式はGaussianのinputファイルやlogファイルとは異なっており、体裁を整える必要があります。

 

 

Gaussian の input ファイルでは、次のようになっています。

C 	   0.113950596635	   0.077730086459	   0.783859708147
C 	   2.411240045390	   0.701925583210	   0.907740686266
C 	   2.574938200730	   2.307979621300	  -0.928021114473
C 	   1.460067063846	  -0.333627299526	   1.193880115380
C 	   3.479963776536	   1.088077618430	  -1.234322547367
(中略)
C 	  -2.831077317915	   1.273666624007	   1.180348602938
H 	  -3.187343034313	   2.288325181393	   1.384102560258
H 	  -3.679377348366	   0.594935935970	   1.289079955971
H 	  -2.117677531629	   1.022330830325	   1.972123853046
C 	   1.474599311644	   3.073619444905	   1.251214132598
H 	   0.990168609766	   3.911865255084	   0.743978620070
H 	   0.848810432153	   2.796053587122	   2.107090122171
H 	   2.433114034749	   3.433970618881	   1.632355252830
C 	   3.558814705399	   0.992562088917	   1.859820620394
H 	   4.295068861528	   1.645459044088	   1.384171506876
H 	   3.173643021800	   1.512707586612	   2.740076493286
H 	   4.071960018966	   0.093479519691	   2.200813117478

supporting information 用では、各列の間を次のように狭め、二段組みにしなくてはいけません。

C   0.11395060   0.07773009   0.78385971
C   2.41124005   0.70192558   0.90774069
C   2.57493820   2.30797962  -0.92802111
C   1.46006706  -0.33362730   1.19388012
C   3.47996378   1.08807762  -1.23432255
C   2.89753964  -0.09533698  -0.44619677
H   1.95941001   2.58437893  -1.78859439
H   4.50718252   1.26598064  -0.90064226
(中略)
C  -3.25589386  -0.89192817  -1.07051127
C  -3.29023503   1.57521204  -1.26418433
H  -4.77114263   0.25214370  -2.20953137
H  -4.91728693   0.40403463  -0.47106168
H  -3.18734303   2.28832518   1.38410256
H   4.29506886   1.64545904   1.38417151
H   3.17364302   1.51270759   2.74007649
H   4.07196002   0.09347952   2.20081312

しかし、一行ずつスペース幅を調節するのは面倒ですし、mac の option を利用した選択、word などでの 置換操作を駆使しても時間がかかります。こういったルーティーン作業は、プログラムを作成してコンピューターにやらせてしまうのが良いです。

 

今回は、input ファイルの元素、座標をすべて正規表現で読み込み、SI 用のスペース幅で出力するというソフトを配布します。
必要なのは、電荷・スピンの情報と原子数のみです。
 

 

関連する記事



コメントを残す(投稿者名のみ必須)