ご返信ありがとうございます。
二つの分子が重なった状態から AutoDock でドッキングしたことはありませんので、どのような結果が出るのか分かりません。
是非、ご自身で試してみて下さい。

度々失礼致します。
R使いなので、rのbio3d というパッケージでPDBを読みこんで座標を編集するところまで来ました。
ここでもう一つお教え頂きたいのですが、ドッキングする二つの分子は重なるよう存在した状態でグリッドの範囲を指定しても良いのでしょうか。
中心をそろえれば、ドッキングの検証をするグリッドの範囲が最小限にできそうな気がするのですが。
ご教授頂けますと幸いです。
よろしくお願い申し上げます。

早速お返事をありがとうございました。
なるほど、PDBの座標を修正すれば良いのですね。
ADTで何かできないかと思っていました。
スクリプト　調べてみて、良い例を見つけてみます。

グリッド数が、大きすぎるというアラートが出ていて全く進まず困っておりました。
skylake 8core のCPUで８コアフルに使っても全く進みませんでした。
なんとか座標をずらして、グリッド範囲の上限を超えないようにしてみます。
ありがとうございました。

コメントありがとうございます。
アプタマーの pdb ファイルの座標を修正することで、アプタマーとタンパク質の距離が近くなりませんか？
分子構造は x, y, z 座標で指定されているので、全原子の座標に一律に数字を足したり引いたりして、タンパク質に近づくように平行移動させてやってください。
例えば、全ての原子の x 座標を +10 するなど。
座標の修正は、python などでスクリプトを書くと簡単に行えると思います。
そのあとで、グリッドボックスの設定を行ってみてください。

グリッドボックスが大きい場合には、計算に使う CPU のコア数を増やすことをお勧めします。