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読み取りにくい SI の座標を変換するプログラム

計算化学の論文では、SI の座標情報を読み取りづらくしている場合が多く見受けられます。計算化学は、座標情報さえあれば簡単に論文を出せてしまうため仕方のない対策のように思われますが、先行研究を参考にしたい時に手間がかかり

構造最適化後や反応経路探索の後に、すべての座標を一点計算する場合があると思います。その時面倒なのが、大量の log ファイルの解析です。一点計算後のエネルギーだけ欲しいが、いちいち log ファイルを開いてエネルギーを

以前、Amber Tool16 のインストールに際し、 ./configure -noX11 gnu を実行したところ 1. gcc のバージョンが対応していない 2. library not found for -lg

DFT 計算を行う上で最も重要なことの一つに汎関数の選択があります。この選択次第で結果が全く意味の無いものになってしまうこともあります。 B3LYP しか知らないという方も多いと思いますが、gaussian には B3L

さて、前回の続きです。これから複雑なプログラムを作成していくと、ソースコードの量が増えていき、どんどん読みづらくなっていきます。また、使いまわしたい関数なども増えていきまが、いちいち以前作ったプログラムを開いてソースコ

今回は、解析プログラムの非常に初歩的なことについて解説します。分子座標の原子数の読み取り方です。

今回は、Project Euler の 7 問目の解き方を紹介します。問題文は、次のようになっております。 By listing the first six prime numbers: 2, 3, 5, 7, 11,

Diels Alder 反応に代表されるように、２つ（以上）の結合が同時に生成する反応を協奏的な反応と言います。実際には、Diels Alder 反応の２つのC–C結合の生成は同時ではなく段階的です。しかし、エネルギー

計算化学が実験科学者にも普及してきた昨今、最近では反応開発などの論文にも計算化学による反応機構解析のデータが載ることが一般的になってきました。きっと皆さんもエネルギーダイアグラムを一度は目にしたことがあると思います。ど

計算化学を用いた反応経路解析では、遷移状態構造を求めた後にIRC計算により反応をつなぎ合わせることにより活性化エネルギー、安定化エネルギーなどを求めることができます。この記事では、遷移状態とは何か？虚振動とは何か？を説