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タグ: 論文紹介

原始地球上の非生物的条件下での核酸塩基の生成機構

2018年3月13日 管理人 ブログ, 一般的な話題

初めて地球上に生命が誕生したのは、約 40 億年前と考えられています。原始の地球には生命に必要な有機分子(アミノ酸,核酸塩基,糖,脂肪酸,炭化水素など)が豊富に存在していたと考えられています。ここからどのようにして生命が

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Spinosyn A の生合成 〜[4 + 2] or [6 + 4] Cycloaddition?〜

2018年2月22日 管理人 ブログ, 一般的な話題

Spinosyn は、バージン諸島に生息する微生物 Saccharopolyspora spinosa から単離された天然物化合物です。その生合成過程に置いて Diels-Alder 反応が進行することでも知られています

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タキサジエン環化反応の分子動力学計算

2018年2月21日 管理人 ブログ, 一般的な話題

パクリタキセル(タキソール)は、イチイの樹皮から単離された天然物化合物であり、有糸分裂阻害活性を示すことから、がん化学療法に用いられています。その魅力的な骨格から全合成の標的ともなり、有名科学者たちにより競い合うようにし

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Coenzyme B12 依存性酵素 ONIOM 計算の汎関数ベンチマーク

2018年2月15日 管理人 ブログ, 一般的な話題

これまで当サイトで紹介してきたベンチマークは、ある一つの反応についてのベンチマークでした。しかし、実際の化学現象では複数の性質の異なる反応が連続して進行することもあり、単一の汎関数でそれぞれの反応すべてを同様の正確性で計

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遷移状態後の枝分かれでの Dynamic Effect

2018年2月13日 管理人 ブログ, 一般的な話題

計算化学の分野において PTSB (post transition state bifurcation) はここ数年で最も注目されている現象の一つであり、ここ 2、3 年で報告例が一気に増えてきたような印象を受けます!当

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有機触媒を用いたマイケル付加の理論解析【溶媒効果】

2018年1月9日 管理人 ブログ, 一般的な話題

有機触媒を用いた nitromethane の cinnamaldehyde へのマイケル付加の理論解析の論文が J. Phys. Chem. A に出ていました。今回の論文では溶媒効果や触媒再生機構を計算機上でうまく再

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正宗・Bergman 環化の計算化学【エンジイン】

2018年1月5日 管理人 ブログ, 一般的な話題

抗腫瘍活性を持つ天然物化合物の calicheammicin や dynemicin にも見られる Enediyne 構造の環化反応である正宗・Bergman 環化の詳細な理論解析の論文が J. Phys. Chem.

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機械学習を利用した IR スペクトルの解析

2017年12月25日 管理人 ブログ, 一般的な話題

機械学習や深層学習を利用した論文が次々に出てきていますが、全く新しい何かを達成したという感じの論文はまだまだ少ないような気がします。 先日紹介した CNN を利用したコンフォメーション探索もそうですが、既存のアプローチで

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リン酸化反応の QM/MM

2017年12月14日 管理人 ブログ, 一般的な話題

J. Phys. Chem. B. にイソペンテニル二リン酸のリン酸化関与する IPK の QM/MM 計算の論文が出ていましたので、簡単に紹介します。 “Reaction Mechanism of Isop

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ニューラルネットワークを利用した粗視化シミュレーション コンフォメーション探索

2017年12月8日 管理人 ブログ, 一般的な話題

最近、人工知能(AI)に対する関心が非常に高まっています。 以前見た NHK のドキュメンタリー「人工知能は悪魔か天使か?」では、すでに実社会で応用されている AI が紹介されていました。 もっとも有名なのは囲碁や将棋の

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