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Gauss View をカスタマイズしよう！その１【分子パレットを拡張】

Gauss View は非常に拡張性に優れた分子可視化ソフトです。デフォルトのままでも十分に強力なのですが、カスタマイズすると、さらに作業効率が上がります！カスタマイズと聞くと難しそうに思う方もいるかと思いますが、プ

計算化学を用いた反応機構解析を行う上で、コンフォメーション探索は非常に重要です。これまでも本サイトではコンフォメーション探索についての記事を公開してきました。 MD 計算を利用したコンフォメーション探索【gromacs】

量子化学計算の出力ファイルには、たくさんの座標情報が含まれています。効率よく計算を進めて行く上で、計算の途中経過を定期的にチェックすることはとても大切です。しかし、計算途中の出力ファイルを計算系からダウンロードして、

最近、記事の更新がめっきり遅くなってしまいました。 4, 5 月は、Review を書いたり、普通の投稿論文を書いたり、申請書の締め切りがあったりで全く時間が取れませんでした。特に、Review 執筆時は、多数の文献を

Gaussian で NBO 計算し、軌道を表示しようとすると、log ファイルの軌道番号と Gauss View 上の番号が一致しないという思わぬトラブルに遭遇します。今回の記事では、NBO の可視化方法についてのマ

遷移状態構造の探索などを行う際に gaussian の modredundant の scan コマンドを使うことが多いと多います。通常は、log ファイルを gauss view で開いてエネルギーの山を探し、gau

Gaussian で ONIOM 法により計算を行う際に Tao Package を利用して input ファイルを作ると非常に楽です。 Tao Package は非常に便利なプログラムなのですが、何箇所か手作業でやらな

GRRM は非常に便利なソフトですが、log ファイルを GaussView で開くことができないという面倒な点があります。構造最適化計算の log ファイルであれば、末尾の座標情報を切り出してきて、input ファイ

スーパーコンピューターの計算速度の世界ランキング「ＴＯＰ５００」が発表されました。一位は、中国の神威太湖之光。日本は 6 位に「オークフォレスト・パックス」、7 位に「京」が入りました。引用元（トップ画像は、http

Gaussian での計算結果の log ファイルを見るとエネルギーは全て a.u. という単位で書かれています。論文等で使われる eV や kcal/mol 、kJ /mol を用いない理由は何なのでしょうか？英語版