プログラミング | 計算化学ポータルサイト

コンフォメーション探索の後処理

計算化学を用いた反応機構解析を行う上で、コンフォメーション探索は非常に重要です。これまでも本サイトではコンフォメーション探索についての記事を公開してきました。 MD 計算を利用したコンフォメーション探索【gromacs】

量子化学計算の出力ファイルには、たくさんの座標情報が含まれています。効率よく計算を進めて行く上で、計算の途中経過を定期的にチェックすることはとても大切です。しかし、計算途中の出力ファイルを計算系からダウンロードして、

最近、記事の更新がめっきり遅くなってしまいました。 4, 5 月は、Review を書いたり、普通の投稿論文を書いたり、申請書の締め切りがあったりで全く時間が取れませんでした。特に、Review 執筆時は、多数の文献を

Gaussian で NBO 計算し、軌道を表示しようとすると、log ファイルの軌道番号と Gauss View 上の番号が一致しないという思わぬトラブルに遭遇します。今回の記事では、NBO の可視化方法についてのマ

遷移状態構造の探索などを行う際に gaussian の modredundant の scan コマンドを使うことが多いと多います。通常は、log ファイルを gauss view で開いてエネルギーの山を探し、gau

Gaussian で ONIOM 法により計算を行う際に Tao Package を利用して input ファイルを作ると非常に楽です。 Tao Package は非常に便利なプログラムなのですが、何箇所か手作業でやらな

GRRM は非常に便利なソフトですが、log ファイルを GaussView で開くことができないという面倒な点があります。構造最適化計算の log ファイルであれば、末尾の座標情報を切り出してきて、input ファイ

スーパーコンピューターの計算速度の世界ランキング「ＴＯＰ５００」が発表されました。一位は、中国の神威太湖之光。日本は 6 位に「オークフォレスト・パックス」、7 位に「京」が入りました。引用元（トップ画像は、http

Gaussian での計算結果の log ファイルを見るとエネルギーは全て a.u. という単位で書かれています。論文等で使われる eV や kcal/mol 、kJ /mol を用いない理由は何なのでしょうか？英語版

計算化学にプログラミングは必須ではありませんが、プログラミングを知っていると解析スピードが 100 倍くらい速くなります。しかし、大学で化学しか勉強してこなかった人にとってプログラミングは未知の領域！ほとんどの人はテキ