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カテゴリー: プログラミング

コンフォメーション探索の後処理

2019年9月18日 管理人 プログラミング

計算化学を用いた反応機構解析を行う上で、コンフォメーション探索は非常に重要です。これまでも本サイトではコンフォメーション探索についての記事を公開してきました。 MD 計算を利用したコンフォメーション探索【gromacs】

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クリップボード上の分子を GaussView で表示【Python】

2019年7月16日 管理人 ブログ, プログラミング, 一般的な話題

量子化学計算の出力ファイルには、たくさんの座標情報が含まれています。 効率よく計算を進めて行く上で、計算の途中経過を定期的にチェックすることはとても大切です。 しかし、計算途中の出力ファイルを計算系からダウンロードして、

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Webスクレイピング で文献検索を効率化!第1回【Python】

2019年6月11日 管理人 ブログ, プログラミング, 一般的な話題

最近、記事の更新がめっきり遅くなってしまいました。 4, 5 月は、Review を書いたり、普通の投稿論文を書いたり、申請書の締め切りがあったりで全く時間が取れませんでした。 特に、Review 執筆時は、多数の文献を

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NBO 計算結果の可視化方法!

2019年1月18日 管理人 ブログ, プログラミング, 計算テクニック

Gaussian で NBO 計算し、軌道を表示しようとすると、log ファイルの軌道番号と Gauss View 上の番号が一致しないという思わぬトラブルに遭遇します。 今回の記事では、NBO の可視化方法についてのマ

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gaussian scan の結果を解析するプログラム

2018年2月19日 管理人 プログラミング

遷移状態構造の探索などを行う際に gaussian の modredundant の scan コマンドを使うことが多いと多います。 通常は、log ファイルを gauss view で開いてエネルギーの山を探し、gau

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Taopackage 用の原子番号追記ソフト

2017年1月19日 管理人 プログラミング

Gaussian で ONIOM 法により計算を行う際に Tao Package を利用して input ファイルを作ると非常に楽です。 Tao Package は非常に便利なプログラムなのですが、何箇所か手作業でやらな

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GRRM の振動計算の結果を Gauss View で可視化する!

2017年1月12日 管理人 ブログ, プログラミング, 計算テクニック

GRRM は非常に便利なソフトですが、log ファイルを GaussView で開くことができないという面倒な点があります。 構造最適化計算の log ファイルであれば、末尾の座標情報を切り出してきて、input ファイ

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スパコン TOP500 発表_日本のオークフォレスト・パックス 6 位

2016年11月15日 管理人 ニュース, プログラミング

スーパーコンピューターの計算速度の世界ランキング「TOP500」が発表されました。一位は、中国の神威太湖之光。日本は 6 位に「オークフォレスト・パックス」、7 位に「京」が入りました。 引用元 (トップ画像は、http

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量子化学計算で a.u. を使う理由 〜Why Atomic Unit?〜

2016年11月11日 管理人 ブログ, プログラミング, 一般的な話題

Gaussian での計算結果の log ファイルを見るとエネルギーは全て a.u. という単位で書かれています。論文等で使われる eV や kcal/mol 、kJ /mol を用いない理由は何なのでしょうか? 英語版

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プロジェクト・オイラー Project Euler

2016年10月27日 管理人 ブログ, プログラミング, 一般的な話題

計算化学にプログラミングは必須ではありませんが、プログラミングを知っていると解析スピードが 100 倍くらい速くなります。 しかし、大学で化学しか勉強してこなかった人にとってプログラミングは未知の領域!ほとんどの人はテキ

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