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読み取りにくい SI の座標を簡単表示【python で OCR】

SI の書き方は、研究室によって様々です。丁寧に計算座標を何ページにも渡って貼り付けてくれる人もいれば、計算の input ファイルと output ファイルを supplementary material にしてくれ

Gauss View は非常に拡張性に優れた分子可視化ソフトです。デフォルトのままでも十分に強力なのですが、カスタマイズすると、さらに作業効率が上がります！カスタマイズと聞くと難しそうに思う方もいるかと思いますが、プ

最近、遷移状態後の枝分かれ反応についての報告が増えてきました。当ウェブサイトでも、これまでも PTSB (Post transition state bifurcation) に関する論文をいくつか紹介してきました。参

Gaussian で NBO 計算し、軌道を表示しようとすると、log ファイルの軌道番号と Gauss View 上の番号が一致しないという思わぬトラブルに遭遇します。今回の記事では、NBO の可視化方法についてのマ

先日、読者の方から MD 計算を利用したコンフォメーション探索についてお問い合わせがありましたので、まとめてみました。今回紹介する方法は私が考案したものではなく、香川大学の HP に書いてある方法とその補足になります。

先日、Threadripper 1950x での 1 job のみ計算している時と full load 時の計算時間の違いを測定してほしいという要望のメールが読者の方から来ました。メールを下さった方は、1 コアの jo

反応経路探索において、もっともフラストレーションがたまるのが IRC 計算がうまくいかない時です。 opt=ts がうまくいき、虚振動も一つ！もう少しで反応エネルギーなどの情報が手に入る！、、、といったところで、いつも

これまでも当サイトでは、Rh/Ru を用いた σ-bond activation に適した汎関数！や【Enthalpy】B3LYP での計算誤差について【Underestimation】や Diels-Alder 反応に

ケンダール・ハウク Kendall N. Houk が提唱したモデル。同様のモデルが諸熊 Mrokuma、ビッケルハウプト Bickelhaupt らにより提唱されているが、それぞれ reactant deformati

先日の記事：【Enthalpy】B3LYP での計算誤差について【Underestimation】ではオレフィン環化反応の計算に最適な汎関数について紹介しました。今回の記事では Rh または Ru を用いた-bond