Skip to content

計算化学ポータルサイト | 計算化学.com

  • HOME
  • Blog
    • 一般的な話題
    • 計算テクニック
    • ニュース
  • 汎関数DB
  • 計算手法
    • 計算手法
    • 基底関数
    • 量子化学計算データベース
  • PC
    • 計算機関連
    • プログラム
  • 書籍
    • 書籍
    • 用語
    • 動画
  • 計算化学者
    • 計算化学者一覧
    • Journal 別エディターまとめ
    • コンピューター関係の人物
  • 計算化学.comとは?
  • English
  • 掲示板
計算化学ポータルサイト | 計算化学.com

タグ: 酵素

Directed Evolution と De novo 酵素デザインを組合わせた研究例

2018年10月23日 管理人 ブログ, 一般的な話題

少し時間が経ってしまいましたが、今月初旬にノーベル賞が発表されましたね。 2018 年のノーベル化学賞はファージディスプレイ (Phage Display) と指向性進化法 (Directed Evolution) に授

Read more

Cope 転移を触媒する酵素【hapalindole 生合成】

2018年4月25日 管理人 一般的な話題

今年の初め頃、David Sherman と Kendal Houk らのグループから hapalindole 生合成での Cope 転移を触媒する酵素 HpiC1 の計算化学も含めた酵素解析の論文が発表されま

Read more

Coenzyme B12 依存性酵素 ONIOM 計算の汎関数ベンチマーク

2018年2月15日 管理人 ブログ, 一般的な話題

これまで当サイトで紹介してきたベンチマークは、ある一つの反応についてのベンチマークでした。しかし、実際の化学現象では複数の性質の異なる反応が連続して進行することもあり、単一の汎関数でそれぞれの反応すべてを同様の正確性で計

Read more

Rosetta インストール方法

2017年7月12日 管理人 一般的な話題

ワシントン大学の David Baker らにより開発された高分子構造のモデリングソフト Rosetta のインストール方法について簡単に書きます。 参考:Rosetta の Scoring Function

Read more

ドッキングシミュレーションのやり方【AutoDock vina】

2017年4月26日 管理人 計算テクニック

AutoDock は、タンパク質にリガンドをドッキングするドッキングシミュレーションに広く用いられています。他にもドッキングシミュレーション用のソフトはいくつもありますが、一番の特徴は無料であるということだと思います。

Read more

不完全なPDBファイルの修正方法

2016年10月20日 管理人 ブログ, 計算テクニック

X 線結晶構造解析より得られた情報により作成された PDB ファイルは、タンパク質外側のループ部分が見えないことがあります。フレキシブルなために十分な強度の回折強度が得られないためです。 このような PDB ファイルを用

Read more

Theozyme 計算 〜巨大分子系の簡便な計算方法〜

2016年10月18日 管理人 ブログ, 用語解説, 計算テクニック

近年のコンピューターの大幅な進歩により、そこそこ大きな系の反応も量子化学計算で取り扱えるようになってきました。 酵素反応などに代表される巨大分子系の計算に対しては QM/MM や QM/MM MD 計算などが登場してきま

Read more

お問い合わせ
webmaster [at] computational-chemistry.com
twitter @ComputerChem

スタッフ募集中!
【PR】計算化学.com で記事を描いてみませんか?【スタッフ募集】

もっとも読まれている記事
1. 虚振動とは?遷移状態とは?
2. IRC 計算がうまくいかない時にため試すこと
3. 汎関数の選び方【DFT 計算】
4. 協奏的?それとも段階的?
5. JACS の Editor Reject を一単語で表現する
6. 基底関数の選び方
7. 1,2-ヒドリドシフトと 1,2-プロトンシフトはどちらが正しいのか?









お問い合わせ webmaster [at] computational-chemistry.com twitter @ComputerChem Facebookページ
計算化学.com とは何か? twitter と Facebook で新着記事をお知らせしています。フォローお願いします。
  • ドッキングシミュレーションのやり方【AutoDock vina】
    ドッキングシミュレーションのやり方【AutoDock vina】
  • 基底関数の選び方【量子化学計算】
    基底関数の選び方【量子化学計算】
  • 量子化学計算で a.u. を使う理由 〜Why Atomic Unit?〜
    量子化学計算で a.u. を使う理由 〜Why Atomic Unit?〜
  • 虚振動とは?遷移状態とは?
    虚振動とは?遷移状態とは?
  • ECC 対応メモリは必要なのか?
    ECC 対応メモリは必要なのか?






WordPress Theme: Gambit by ThemeZee.