Theozyme 計算 〜巨大分子系の簡便な計算方法〜

Directed Evolution と De novo 酵素デザインを組合わせた研究例

少し時間が経ってしまいましたが、今月初旬にノーベル賞が発表されましたね。 2018 年のノーベル化学賞はファージディスプレイ (Phage Display) と指向性進化法 (Directed Evolution) に授

今年の初め頃、David Sherman と Kendal Houk らのグループから hapalindole 生合成での Cope 転移を触媒する酵素 HpiC1 の計算化学も含めた酵素解析の論文が発表されま

これまで当サイトで紹介してきたベンチマークは、ある一つの反応についてのベンチマークでした。しかし、実際の化学現象では複数の性質の異なる反応が連続して進行することもあり、単一の汎関数でそれぞれの反応すべてを同様の正確性で計

ワシントン大学の David Baker らにより開発された高分子構造のモデリングソフト Rosetta のインストール方法について簡単に書きます。参考：Rosetta の Scoring Function

AutoDock は、タンパク質にリガンドをドッキングするドッキングシミュレーションに広く用いられています。他にもドッキングシミュレーション用のソフトはいくつもありますが、一番の特徴は無料であるということだと思います。

X 線結晶構造解析より得られた情報により作成された PDB ファイルは、タンパク質外側のループ部分が見えないことがあります。フレキシブルなために十分な強度の回折強度が得られないためです。このような PDB ファイルを用

近年のコンピューターの大幅な進歩により、そこそこ大きな系の反応も量子化学計算で取り扱えるようになってきました。酵素反応などに代表される巨大分子系の計算に対しては QM/MM や QM/MM MD 計算などが登場してきま