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  • YouTube動画で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • インターネット記事で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • ログイン機能を実装する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(5/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートにログイン機能を実装します。 特に、研究グループ全体で電子実験ノートをシェアする場合など、ログイン機能や権限の付与は非常に重要となってきます。 また

  • PHP でブラウザから job を投入する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(4/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートから計算機に job を投入し、同時にノートを作成する機能を実装していきます。 参考:電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)参考:

  • CRUD を実装!電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(3/5)

    前回の記事に続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、記述、閲覧、編集、削除などの、実験ノートに必要な基本的な機能を実装していきます。 これらの機能は Create, Read, Update, Delete の頭

  • リアルタイムで計算状況を表示するシステムの構築!【電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!】(2/5)

    本記事は、前回の記事(電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5))の続きになります。 今回は、リアルタイムで複数の計算機での job の実行状況を表示させるシステムの構築を行います。 初心者の方でも、PHP

  • 電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)

    管理人の大学院時代は、実験ノートは紙が当たり前でしたが、最近では電子実験ノート(Electronic Lab Notebook; ELN) がだいぶ普及しているようです。 電子実験ノートには様々なメリットがあります。例え

  • 分枝型拡張ヘテロ開裂反応の理論解析!〜divergent extended heterolytic fragmentations〜

    開裂反応というと、Eshenmoser 開裂や Mehta 開裂や Risch 開裂などが挙げられます(下図)。 このような結合の開裂を伴う fragmentation 反応は、分子骨格を構築する際の鍵反応として、全合成

  • 読み取りにくい SI の座標を簡単表示【python で OCR】

    SI の書き方は、研究室によって様々です。 丁寧に計算座標を何ページにも渡って貼り付けてくれる人もいれば、計算の input ファイルと output ファイルを supplementary material にしてくれ

  • Gauss View をカスタマイズしよう!その2【NMR の referenceを追加】

    計算化学が非常に身近になった現在では、実験化学者も簡単なスペクトル計算を活用して研究を進めているのではないでしょうか? 例えば、NMR 計算は、計算コストが小さく、もっとも手軽な計算の一つです。 参考:NMR計算のアドバ

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スーパーコンピュータ「京」6期連続でGraph500 1位!

2017年11月21日 管理人 ニュース

先日の記事で、TOP500 と GREEN500 についてお伝えしました。PEZY Computing が開発に携わったスーパーコンピューターが GREEN500 で上位を独占したことも記憶に新しいと思います。 その後、

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日本勢が GREEN500 上位独占!注目の暁光は TOP500 第4位!スパコンランキング2017年11月

2017年11月14日 管理人 ニュース

2017 年 11 月のスパコンランキング TOP500 と GREEN500 が発表されました。 スパコンの単純な計算性能を競う TOP500 での日本勢のトップは、先日の記事でもご紹介した暁光の第4位でした! また、

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遷移状態の自動探索プログラム

2017年11月9日 管理人 ブログ, 一般的な話題

遷移状態の自動探索に関する論文が Journal of chemical theory and computation に出ていましたので、簡単に紹介したいと思います。 著者を見ると Schrödinger の方が多い

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計算化学での MS スペクトルの予測

2017年11月8日 管理人 ブログ, 一般的な話題

近年、計算化学による NMR スペクトルの予測が非常に一般的になってきており、計算化学を専門としない人でも容易に利用できるようになりました。その一方で、MS の計算の仕方はまだまだ一般的ではないと思います。 計算化学によ

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スパコンランキングに期待!「暁光」国内最高速度を達成!

2017年11月6日 管理人 ニュース

(トップ画像は、参考文献 2 から転載しました。) こちらのニュース記事スパコン「暁光」が国内最高の計算速度を達成 1秒間に1・413京回にもある通り、ペジーコンピューティング (以下 PEZY Computing) が

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ssh 時の locale エラー対処方法

2017年10月31日 管理人 一般的な話題

自分で構築した計算機やスーパーコンピューターにリモート接続するときに、以下のようなエラーが出るときがあると思います。 -bash: warning: setlocale: LC_CTYPE: cannot change

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化学反応でのトンネル効果の影響

2017年10月25日 管理人 ブログ, 一般的な話題

“トンネル効果” と聞くと、量子力学的現象であって、有機化学反応とは関係ないと思われるかもしれません。 確かに化学や生物の教科書ではあまり目にしないかもしれませんが、トンネル効果が大きく関わってい

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Google も計算化学に参入? Open Fermion

2017年10月24日 管理人 ニュース

昨今話題になっている量子コンピューターですが、その有用な使い道の一つとして計算化学が挙げられています。本サイトでも、以前の記事で紹介しました。 参考:量子コンピュータで計算化学!? そして本日、 Google が量子コン

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分野によって計算の捉え方は全然違う

2017年10月20日 管理人 一般的な話題

管理人は、これまでいろいろな分野の人と一緒に働いてきました。 その度に良い意味でも悪い意味でも新たな驚きがありました。 また、自分の仕事が全く理解されなくて非常に嫌な思いをしたこともあります。。。 分野が変わると計算化学

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分散力に関する論文 London Dispersion

2017年10月17日 管理人 ブログ, 一般的な話題

先月、JACS に分散力に関する面白い論文が掲載されていたので、簡単に紹介します。 “Attenuation of London Dispersion in Dichloromethane Solutions

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