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  • YouTube動画で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • インターネット記事で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • ログイン機能を実装する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(5/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートにログイン機能を実装します。 特に、研究グループ全体で電子実験ノートをシェアする場合など、ログイン機能や権限の付与は非常に重要となってきます。 また

  • PHP でブラウザから job を投入する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(4/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートから計算機に job を投入し、同時にノートを作成する機能を実装していきます。 参考:電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)参考:

  • CRUD を実装!電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(3/5)

    前回の記事に続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、記述、閲覧、編集、削除などの、実験ノートに必要な基本的な機能を実装していきます。 これらの機能は Create, Read, Update, Delete の頭

  • リアルタイムで計算状況を表示するシステムの構築!【電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!】(2/5)

    本記事は、前回の記事(電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5))の続きになります。 今回は、リアルタイムで複数の計算機での job の実行状況を表示させるシステムの構築を行います。 初心者の方でも、PHP

  • 電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)

    管理人の大学院時代は、実験ノートは紙が当たり前でしたが、最近では電子実験ノート(Electronic Lab Notebook; ELN) がだいぶ普及しているようです。 電子実験ノートには様々なメリットがあります。例え

  • 分枝型拡張ヘテロ開裂反応の理論解析!〜divergent extended heterolytic fragmentations〜

    開裂反応というと、Eshenmoser 開裂や Mehta 開裂や Risch 開裂などが挙げられます(下図)。 このような結合の開裂を伴う fragmentation 反応は、分子骨格を構築する際の鍵反応として、全合成

  • 読み取りにくい SI の座標を簡単表示【python で OCR】

    SI の書き方は、研究室によって様々です。 丁寧に計算座標を何ページにも渡って貼り付けてくれる人もいれば、計算の input ファイルと output ファイルを supplementary material にしてくれ

  • Gauss View をカスタマイズしよう!その2【NMR の referenceを追加】

    計算化学が非常に身近になった現在では、実験化学者も簡単なスペクトル計算を活用して研究を進めているのではないでしょうか? 例えば、NMR 計算は、計算コストが小さく、もっとも手軽な計算の一つです。 参考:NMR計算のアドバ

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ビッグデータの解析にはハードウェア革命が必要?

2018年2月17日 管理人 ニュース, 一般的な話題

近年盛んな人工知能研究やビッグデータの解析。一般の人にも広く話題になった例では DeepMind 社 の開発した AlphaGo Zero が挙げられると思います。 人工知能というと、そのプログラムやデータセットの方に目

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【スパコン】天河二号【中国】

2018年2月16日 管理人 一般的な話題

(トップ画像は、こちらのページより転載。) 天河二号、英名は Tianhe-2 (TH-2)、Milkyway-2 という名称も用いられている。Tianhe は天河の発音をそのまま用いたものであり、Milkyway は天

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Coenzyme B12 依存性酵素 ONIOM 計算の汎関数ベンチマーク

2018年2月15日 管理人 ブログ, 一般的な話題

これまで当サイトで紹介してきたベンチマークは、ある一つの反応についてのベンチマークでした。しかし、実際の化学現象では複数の性質の異なる反応が連続して進行することもあり、単一の汎関数でそれぞれの反応すべてを同様の正確性で計

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遷移状態後の枝分かれでの Dynamic Effect

2018年2月13日 管理人 ブログ, 一般的な話題

計算化学の分野において PTSB (post transition state bifurcation) はここ数年で最も注目されている現象の一つであり、ここ 2、3 年で報告例が一気に増えてきたような印象を受けます!当

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Linux でのターボブースト時のクロック数確認方法

2018年2月7日 管理人 ブログ, 一般的な話題

Intel の CPU には Intel Turbo Boost Technology が搭載されています。 Turbo Boost を ON にしておくと、計算を行なっている時などに負荷が高いコアのみ動作クロックを定格

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7960x Gaussian16 ベンチマーク

2018年1月29日 管理人 ブログ

前回の記事では 7960x を用いた自作計算機の組み立ての様子をまとめました。 参考:core i9 7960x 自作計算機【Gaussian】 今回の記事では 7960x の gaussian16 の gaussian

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core i9 7960x 自作計算機【Gaussian】

2018年1月26日 管理人 ブログ, 一般的な話題

昨年は CPU 業界にとって激アツな年でした。特に注目を集めたのが、AMD が販売した Ryzen、EPYC、Threadripper でした。 Threadripper については、計算化学.com でも購入し gau

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MD 計算を利用したコンフォメーション探索【gromacs】

2018年1月25日 管理人 計算テクニック

先日、読者の方から MD 計算を利用したコンフォメーション探索についてお問い合わせがありましたので、まとめてみました。 今回紹介する方法は私が考案したものではなく、香川大学の HP に書いてある方法とその補足になります。

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マーティン・ヘッドゴードン Martin Head-Gordon

2018年1月16日 管理人 計算化学者

(トップ画像は、こちらのページから) マーティン・フィリップ・ヘッドゴードン (Martin Philip Head-Gordon 1962 March 17- ) オーストラリア出身の理論物理化学者。UC Berkel

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ダブルハイブリッド密度汎関数理論 doubly hybrid density functional theory

2018年1月14日 管理人 汎関数

ダブルハイブリッド密度汎関数理論 doubly hybrid density functional theory とは、HF 交換積分と perturbation theory (PT2) 相関エネルギーを含む密度汎関数

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