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投稿者: 管理人

有機触媒を用いたマイケル付加の理論解析【溶媒効果】

2018年1月9日 管理人 ブログ, 一般的な話題

有機触媒を用いた nitromethane の cinnamaldehyde へのマイケル付加の理論解析の論文が J. Phys. Chem. A に出ていました。今回の論文では溶媒効果や触媒再生機構を計算機上でうまく再

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正宗・Bergman 環化の計算化学【エンジイン】

2018年1月5日 管理人 ブログ, 一般的な話題

抗腫瘍活性を持つ天然物化合物の calicheammicin や dynemicin にも見られる Enediyne 構造の環化反応である正宗・Bergman 環化の詳細な理論解析の論文が J. Phys. Chem.

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機械学習を利用した IR スペクトルの解析

2017年12月25日 管理人 ブログ, 一般的な話題

機械学習や深層学習を利用した論文が次々に出てきていますが、全く新しい何かを達成したという感じの論文はまだまだ少ないような気がします。 先日紹介した CNN を利用したコンフォメーション探索もそうですが、既存のアプローチで

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GTX1080 Ti 2 枚挿し + Threadripper 1950x in Thermaltake core x9

2017年12月20日 管理人 ブログ, 一般的な話題

3 ヶ月ほど前の記事で、Threadripper の自作に関する記事を二つほど書きました。 当時は gaussian の benchmark を取ることが最優先でしたので、PC ケースに入れずに使っていました。 参考:T

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リン酸化反応の QM/MM

2017年12月14日 管理人 ブログ, 一般的な話題

J. Phys. Chem. B. にイソペンテニル二リン酸のリン酸化関与する IPK の QM/MM 計算の論文が出ていましたので、簡単に紹介します。 “Reaction Mechanism of Isop

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ニューラルネットワークを利用した粗視化シミュレーション コンフォメーション探索

2017年12月8日 管理人 ブログ, 一般的な話題

最近、人工知能(AI)に対する関心が非常に高まっています。 以前見た NHK のドキュメンタリー「人工知能は悪魔か天使か?」では、すでに実社会で応用されている AI が紹介されていました。 もっとも有名なのは囲碁や将棋の

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【訃報】諸熊奎治氏が死去

2017年12月4日 管理人 ニュース

計算化学の第一人者で京都大福井謙一記念研究センター研究員の諸熊奎治氏が死去されたそうです。 ご冥福をお祈りいたします。 参考: 京都新聞 参考:IAQMS の公式アナウンス 参考:京都大学福井謙一記念研究センターの公式ア

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Full Load ベンチマーク

2017年11月22日 管理人 ブログ, 計算テクニック

先日、Threadripper 1950x での 1 job のみ計算している時と full load 時の計算時間の違いを測定してほしいという要望のメールが読者の方から来ました。 メールを下さった方は、1 コアの jo

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スーパーコンピュータ「京」6期連続でGraph500 1位!

2017年11月21日 管理人 ニュース

先日の記事で、TOP500 と GREEN500 についてお伝えしました。PEZY Computing が開発に携わったスーパーコンピューターが GREEN500 で上位を独占したことも記憶に新しいと思います。 その後、

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日本勢が GREEN500 上位独占!注目の暁光は TOP500 第4位!スパコンランキング2017年11月

2017年11月14日 管理人 ニュース

2017 年 11 月のスパコンランキング TOP500 と GREEN500 が発表されました。 スパコンの単純な計算性能を競う TOP500 での日本勢のトップは、先日の記事でもご紹介した暁光の第4位でした! また、

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