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ドッキングシミュレーションのやり方【AutoDock vina】

AutoDock は、タンパク質にリガンドをドッキングするドッキングシミュレーションに広く用いられています。他にもドッキングシミュレーション用のソフトはいくつもありますが、一番の特徴は無料であるということだと思います。

今年発売された Gaussian 16 ！新機能も気になるところですが、既存の Gaussian 09 とどれほどの差があるのかという点も気になります。今回は、構造最適化、遷移状態構造の最適化、振動計算について２つを

先日、nVIDIA の GTX 1080 Ti を自作パソコンに入れました。これからは GPGPU をフル活用していこうと思っており、これまで作ったプログラムを cuda 仕様に書き換えている今日この頃です。さて、今

先日の記事で、Fedora 25 に無事 nVIDIA ドライバーと CUDA ToolKit 8.0 をインストールできたと書きました。しかし、その後いろいろと不具合があったため Fedora 23 へとヴァージョンを

並列計算機を自作する際に、まず最初に考えなくてはならないのがパーツ選びです。どの CPU を選ぶかで自作並列計算機の方向性は大きく決まりますが、そこからは予算とも相談しながらマザーボード、メモリ、グラフィックボード、

Gaussian での計算中には、複数のスクラッチファイルが生成します。しかし、それぞれのファイルがどのような役割なのか、どうやって削除・保存するのかを知っている人はほとんどいないと思います。そこで、本記事ではスクラッ

先日の記事で自作 PC で Gauss View 6 を動かしてみました。今回は、Gaussian 16 を自作 PC で動かしてみた時の様子について述べさせていただきたいと思います。g16 と g09 についても振動

いつもこのウェブサイトを訪問して頂きありがとうございます。今回の記事が記念すべき 100 記事目となります。固定ページなども合わせると 140 ページくらいあるのですが、blog 形式での投稿は今回の投稿で 100 記

多くの実験科学者が計算化学もこなす現在、化合物の構造最適化くらいは誰でもできるという時代になってきました。しかし、大変残念なことに、学会等を見ていると計算方法や解析方法が正しくないことも少なくありません。例えば、水素

前回の記事では、先日作った自作 PC にCUDA ToolKit 8.0 をインストールしました。その後、Gaussian16、Gauss View6、Amber16、pymol、Gromacs、Autodock など様