計算化学の分野において PTSB (post transition state bifurcation) はここ数年で最も注目されている現象の一つであり、ここ 2、3 年で報告例が一気に増えてきたような印象を受けます!当
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Linux でのターボブースト時のクロック数確認方法
Intel の CPU には Intel Turbo Boost Technology が搭載されています。 Turbo Boost を ON にしておくと、計算を行なっている時などに負荷が高いコアのみ動作クロックを定格
Read more7960x Gaussian16 ベンチマーク
前回の記事では 7960x を用いた自作計算機の組み立ての様子をまとめました。 参考:core i9 7960x 自作計算機【Gaussian】 今回の記事では 7960x の gaussian16 の gaussian
Read morecore i9 7960x 自作計算機【Gaussian】
昨年は CPU 業界にとって激アツな年でした。特に注目を集めたのが、AMD が販売した Ryzen、EPYC、Threadripper でした。 Threadripper については、計算化学.com でも購入し gau
Read moreMD 計算を利用したコンフォメーション探索【gromacs】
先日、読者の方から MD 計算を利用したコンフォメーション探索についてお問い合わせがありましたので、まとめてみました。 今回紹介する方法は私が考案したものではなく、香川大学の HP に書いてある方法とその補足になります。
Read more有機触媒を用いたマイケル付加の理論解析【溶媒効果】
有機触媒を用いた nitromethane の cinnamaldehyde へのマイケル付加の理論解析の論文が J. Phys. Chem. A に出ていました。今回の論文では溶媒効果や触媒再生機構を計算機上でうまく再
Read more正宗・Bergman 環化の計算化学【エンジイン】
抗腫瘍活性を持つ天然物化合物の calicheammicin や dynemicin にも見られる Enediyne 構造の環化反応である正宗・Bergman 環化の詳細な理論解析の論文が J. Phys. Chem.
Read more機械学習を利用した IR スペクトルの解析
機械学習や深層学習を利用した論文が次々に出てきていますが、全く新しい何かを達成したという感じの論文はまだまだ少ないような気がします。 先日紹介した CNN を利用したコンフォメーション探索もそうですが、既存のアプローチで
Read moreGTX1080 Ti 2 枚挿し + Threadripper 1950x in Thermaltake core x9
3 ヶ月ほど前の記事で、Threadripper の自作に関する記事を二つほど書きました。 当時は gaussian の benchmark を取ることが最優先でしたので、PC ケースに入れずに使っていました。 参考:T
Read moreリン酸化反応の QM/MM
J. Phys. Chem. B. にイソペンテニル二リン酸のリン酸化関与する IPK の QM/MM 計算の論文が出ていましたので、簡単に紹介します。 “Reaction Mechanism of Isop
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