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読み取りにくい SI の座標を簡単表示【python で OCR】

SI の書き方は、研究室によって様々です。丁寧に計算座標を何ページにも渡って貼り付けてくれる人もいれば、計算の input ファイルと output ファイルを supplementary material にしてくれ

Gauss View は非常に拡張性に優れた分子可視化ソフトです。デフォルトのままでも十分に強力なのですが、カスタマイズすると、さらに作業効率が上がります！カスタマイズと聞くと難しそうに思う方もいるかと思いますが、プ

先日、読者の方から MD 計算を利用したコンフォメーション探索についてお問い合わせがありましたので、まとめてみました。今回紹介する方法は私が考案したものではなく、香川大学の HP に書いてある方法とその補足になります。

先日、Threadripper 1950x での 1 job のみ計算している時と full load 時の計算時間の違いを測定してほしいという要望のメールが読者の方から来ました。メールを下さった方は、1 コアの jo

これまでも当サイトでは、Rh/Ru を用いた σ-bond activation に適した汎関数！や【Enthalpy】B3LYP での計算誤差について【Underestimation】や Diels-Alder 反応に

ケンダール・ハウク Kendall N. Houk が提唱したモデル。同様のモデルが諸熊 Mrokuma、ビッケルハウプト Bickelhaupt らにより提唱されているが、それぞれ reactant deformati

先日の記事：【Enthalpy】B3LYP での計算誤差について【Underestimation】ではオレフィン環化反応の計算に最適な汎関数について紹介しました。今回の記事では Rh または Ru を用いた-bond

AutoDock は、タンパク質にリガンドをドッキングするドッキングシミュレーションに広く用いられています。他にもドッキングシミュレーション用のソフトはいくつもありますが、一番の特徴は無料であるということだと思います。

多くの実験科学者が計算化学もこなす現在、化合物の構造最適化くらいは誰でもできるという時代になってきました。しかし、大変残念なことに、学会等を見ていると計算方法や解析方法が正しくないことも少なくありません。例えば、水素

実験系の研究者にとってノートを書くことは常識です。しかし不思議なことに、実験系の研究者が計算化学を始めるとノートを書かないというケースが多く見られます。おそらく、計算化学は log ファイルが残るため、ノートを書かな