あけましておめでとうございます。 昨年 11 月、12 月は、多忙のため記事の更新ができませんでしたが、今年はもっと更新していきたいと思います。 さて、もう 4 ヶ月も前になってしまいますが、シンコナアルカロイド有機触媒
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計算化学を用いた天然物の構造訂正
多種多様な構造で我々を魅了してくれる天然物化合物。医薬品シードとしても有用なこれらの有機化合物の単離構造決定は世界中で盛んに行われています。 しかし、その構造の複雑さ・特殊さから構造を決めることが困難な場合も多数あります
Read moreCope 転移を触媒する酵素【hapalindole 生合成】
今年の初め頃、David Sherman と Kendal Houk らのグループから hapalindole 生合成での Cope 転移を触媒する酵素 HpiC1 の計算化学も含めた酵素解析の論文が発表されま
Read moreSpinosyn A の生合成 〜[4 + 2] or [6 + 4] Cycloaddition?〜
Spinosyn は、バージン諸島に生息する微生物 Saccharopolyspora spinosa から単離された天然物化合物です。その生合成過程に置いて Diels-Alder 反応が進行することでも知られています
Read more7960x Gaussian16 ベンチマーク
前回の記事では 7960x を用いた自作計算機の組み立ての様子をまとめました。 参考:core i9 7960x 自作計算機【Gaussian】 今回の記事では 7960x の gaussian16 の gaussian
Read moreダブルハイブリッド密度汎関数理論 doubly hybrid density functional theory
ダブルハイブリッド密度汎関数理論 doubly hybrid density functional theory とは、HF 交換積分と perturbation theory (PT2) 相関エネルギーを含む密度汎関数
Read moreB97 & B97 系汎関数【ωB97X-D など】
様々なベンチマーク論文で良い傾向を示している B97 と $\omega$B97 系 汎関数の成り立ちについて本記事では解説しております。gaussian ではB97-1, B97-2, B97-D, $\omega$B
Read more有機触媒を用いたマイケル付加の理論解析【溶媒効果】
有機触媒を用いた nitromethane の cinnamaldehyde へのマイケル付加の理論解析の論文が J. Phys. Chem. A に出ていました。今回の論文では溶媒効果や触媒再生機構を計算機上でうまく再
Read more機械学習を利用した IR スペクトルの解析
機械学習や深層学習を利用した論文が次々に出てきていますが、全く新しい何かを達成したという感じの論文はまだまだ少ないような気がします。 先日紹介した CNN を利用したコンフォメーション探索もそうですが、既存のアプローチで
Read moreリン酸化反応の QM/MM
J. Phys. Chem. B. にイソペンテニル二リン酸のリン酸化関与する IPK の QM/MM 計算の論文が出ていましたので、簡単に紹介します。 “Reaction Mechanism of Isop
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