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NBO 計算結果の可視化方法！

Gaussian で NBO 計算し、軌道を表示しようとすると、log ファイルの軌道番号と Gauss View 上の番号が一致しないという思わぬトラブルに遭遇します。今回の記事では、NBO の可視化方法についてのマ

今年の初め頃、David Sherman と Kendal Houk らのグループから hapalindole 生合成での Cope 転移を触媒する酵素 HpiC1 の計算化学も含めた酵素解析の論文が発表されました。こ

励起状態でのプロトン移動（ESPT: Excited-State Proton Transfer ）は蛍光プローブや分子スイッチ、発光ダイオードなどの分子に関係していることから近年注目されている現象です。核酸塩基間でもこ

先月、Gaussian 16 の Revision B.01 がリリースされました。 Gaussian 本社ウェブサイトの Release Note を見ると、Revision B で追加された機能のところに [REV

遷移状態構造の探索などを行う際に gaussian の modredundant の scan コマンドを使うことが多いと多います。通常は、log ファイルを gauss view で開いてエネルギーの山を探し、gau

gaussian のインストールは基本的には簡単ですが、permission の設定を誤るといつまでも計算を開始することが出来ず、沼にはまってしまうことがあります。その一つが scratch ファイルの保存先です。ラッ

先日、読者の方から MD 計算を利用したコンフォメーション探索についてお問い合わせがありましたので、まとめてみました。今回紹介する方法は私が考案したものではなく、香川大学の HP に書いてある方法とその補足になります。

様々なベンチマーク論文で良い傾向を示している B97 と $\omega$B97 系汎関数の成り立ちについて本記事では解説しております。gaussian ではB97-1, B97-2, B97-D, $\omega$B

抗腫瘍活性を持つ天然物化合物の calicheammicin や dynemicin にも見られる Enediyne 構造の環化反応である正宗・Bergman 環化の詳細な理論解析の論文が J. Phys. Chem.

先日、Threadripper 1950x での 1 job のみ計算している時と full load 時の計算時間の違いを測定してほしいという要望のメールが読者の方から来ました。メールを下さった方は、1 コアの jo