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  • YouTube動画で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • インターネット記事で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • ログイン機能を実装する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(5/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートにログイン機能を実装します。 特に、研究グループ全体で電子実験ノートをシェアする場合など、ログイン機能や権限の付与は非常に重要となってきます。 また

  • PHP でブラウザから job を投入する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(4/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートから計算機に job を投入し、同時にノートを作成する機能を実装していきます。 参考:電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)参考:

  • CRUD を実装!電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(3/5)

    前回の記事に続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、記述、閲覧、編集、削除などの、実験ノートに必要な基本的な機能を実装していきます。 これらの機能は Create, Read, Update, Delete の頭

  • リアルタイムで計算状況を表示するシステムの構築!【電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!】(2/5)

    本記事は、前回の記事(電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5))の続きになります。 今回は、リアルタイムで複数の計算機での job の実行状況を表示させるシステムの構築を行います。 初心者の方でも、PHP

  • 電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)

    管理人の大学院時代は、実験ノートは紙が当たり前でしたが、最近では電子実験ノート(Electronic Lab Notebook; ELN) がだいぶ普及しているようです。 電子実験ノートには様々なメリットがあります。例え

  • 分枝型拡張ヘテロ開裂反応の理論解析!〜divergent extended heterolytic fragmentations〜

    開裂反応というと、Eshenmoser 開裂や Mehta 開裂や Risch 開裂などが挙げられます(下図)。 このような結合の開裂を伴う fragmentation 反応は、分子骨格を構築する際の鍵反応として、全合成

  • 読み取りにくい SI の座標を簡単表示【python で OCR】

    SI の書き方は、研究室によって様々です。 丁寧に計算座標を何ページにも渡って貼り付けてくれる人もいれば、計算の input ファイルと output ファイルを supplementary material にしてくれ

  • Gauss View をカスタマイズしよう!その2【NMR の referenceを追加】

    計算化学が非常に身近になった現在では、実験化学者も簡単なスペクトル計算を活用して研究を進めているのではないでしょうか? 例えば、NMR 計算は、計算コストが小さく、もっとも手軽な計算の一つです。 参考:NMR計算のアドバ

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Singlet Fission の計算

2017年10月13日 管理人 ブログ

Josef Michl のグループの Singlet Fission の計算に関する論文が発表されましたので、少し紹介します。 “Development of a TDDFT-Based Protocol w

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DFT 計算の進歩について

2017年10月5日 管理人 ブログ, 一般的な話題

今年の初めに Science 誌にジョン・パデュー John Perdew らの”密度汎関数理論は、正確な関数を目指す道から外れつつある“という論文が掲載されました。 参考: DFT は、正確な関

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12 コア core i9-7920x やっと発売!

2017年9月14日 管理人 ニュース

こちらのニュースでも紹介されていますが、やっと core i9-7920x が発売されました!当初の 8 月28 日発売という予定から遅れましたね。日本での販売価格は約 14 万円前後です。 ちなみに、core i9-7

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Threadripper 並列化効率改善?【gaussian16】

2017年9月11日 管理人 ブログ

以前の記事で Threadripper での gaussian16 のベンチマークをお伝えしました。 その際、並列化効率が著しく悪いと述べましたが、その後検討を重ねたところ並列化効率が大幅に改善しました。 改善後は、 o

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スピン状態依存的な光環化反応の計算

2017年8月25日 管理人 ブログ, 一般的な話題

スピン状態依存的に異なる反応性を示す光環化反応について計算化学を用いた解析が行われました。JCC に論文が出ていましたので、簡単に紹介します。 “Theoretical Studies of Spin Sta

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Threadripper の Gaussian16 ベンチマーク

2017年8月22日 管理人 ブログ, 一般的な話題

前回の記事では、Threadripper の自作 PC を紹介しました。 この記事では、実際に Threadripper 上で Gaussian 16 を動かした時の様子を紹介します。今回の記事ではデータ数が少ないですが

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Threadripper 自作 PC 組み立て編【AMD】

2017年8月20日 管理人 ブログ, 一般的な話題

今話題の Threadripper を購入しました。計算化学.com では、これまでも Threadripper については、新しい情報が出るたびに紹介してきました。 参考:Threadripper マザーボード正式発表

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Rosetta の Scoring Function

2017年8月18日 管理人 一般的な話題

先週、ワシントンで Rosetta の国際学会である RosettaCon が開かれました。 約 3 日間における大きな学会であり、Rosetta Developper と Rosetta User の両方からの発表があ

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分子間に働く相互作用まとめ

2017年8月9日 管理人 一般的な話題

分子間に働く力は、物理化学的な性質や構造的な特徴で分類することができます。 例えば、物理化学的な性質で分類した場合、クーロン力、分散力、静電力などに分けることができます。一方、構造的な特徴で分類した場合、水素結合、C-H

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revM06-L が発表されました。

2017年8月2日 管理人 一般的な話題, 計算手法

revM06-L の論文が PNAS に掲載されましたので、簡単に紹介したいと思います。 ちなみに、ミネソタ汎関数の開発者である Donald G. Truhlar も著者に入っていますが、彼は全米科学アカデミーのメンバ

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