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  • YouTube動画で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • インターネット記事で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • ログイン機能を実装する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(5/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートにログイン機能を実装します。 特に、研究グループ全体で電子実験ノートをシェアする場合など、ログイン機能や権限の付与は非常に重要となってきます。 また

  • PHP でブラウザから job を投入する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(4/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートから計算機に job を投入し、同時にノートを作成する機能を実装していきます。 参考:電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)参考:

  • CRUD を実装!電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(3/5)

    前回の記事に続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、記述、閲覧、編集、削除などの、実験ノートに必要な基本的な機能を実装していきます。 これらの機能は Create, Read, Update, Delete の頭

  • リアルタイムで計算状況を表示するシステムの構築!【電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!】(2/5)

    本記事は、前回の記事(電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5))の続きになります。 今回は、リアルタイムで複数の計算機での job の実行状況を表示させるシステムの構築を行います。 初心者の方でも、PHP

  • 電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)

    管理人の大学院時代は、実験ノートは紙が当たり前でしたが、最近では電子実験ノート(Electronic Lab Notebook; ELN) がだいぶ普及しているようです。 電子実験ノートには様々なメリットがあります。例え

  • 分枝型拡張ヘテロ開裂反応の理論解析!〜divergent extended heterolytic fragmentations〜

    開裂反応というと、Eshenmoser 開裂や Mehta 開裂や Risch 開裂などが挙げられます(下図)。 このような結合の開裂を伴う fragmentation 反応は、分子骨格を構築する際の鍵反応として、全合成

  • 読み取りにくい SI の座標を簡単表示【python で OCR】

    SI の書き方は、研究室によって様々です。 丁寧に計算座標を何ページにも渡って貼り付けてくれる人もいれば、計算の input ファイルと output ファイルを supplementary material にしてくれ

  • Gauss View をカスタマイズしよう!その2【NMR の referenceを追加】

    計算化学が非常に身近になった現在では、実験化学者も簡単なスペクトル計算を活用して研究を進めているのではないでしょうか? 例えば、NMR 計算は、計算コストが小さく、もっとも手軽な計算の一つです。 参考:NMR計算のアドバ

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プロパギルアミンと二酸化炭素を基質とした銀触媒による 5/6 員環形成反応の選択性に関する計算

2017年7月31日 管理人 ブログ, 一般的な話題

JOC にプロパギルアミンと二酸化炭素を基質とした銀触媒による 5/6 員環形成反応の選択性に関する論文が出ていたので、簡単に紹介します。

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Threadripper マザーボード正式発表【X399】

2017年7月26日 管理人 一般的な話題

本日、Threadripper マザーボード X399 チップセットが Meets the Experts Webinar で正式発表されました。 ASRock、MSI の情報を載せます。詳しい情報は、参考リンク先を見て

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過酸化水素の O–O 結合のホモリシスの計算!

2017年7月25日 管理人 ブログ, 一般的な話題

過酸化水素の O–O 結合のホモリティックな開裂についての論文が出ましたので、簡単に紹介したいと思います。 “O–O Bond Homolysis in Hydrogen Peroxide” La

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水中での Friedel–Crafts 型反応の計算!

2017年7月20日 管理人 ブログ, 一般的な話題

水中での Friedel–Crafts 型反応の計算に関する論文が最近出ましたので、簡単に紹介します。 “Mechanistic Investigation Inspired “On Water” React

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Threadripper 正式発表【8月発売予定】

2017年7月15日 管理人 ニュース

以前から話題になっていた Threadripper が AMD から正式発表されました。 驚くのは、その低価格! 12C/24T の 1920X は、ベース 3.5 GHz /ブースト 4 GHz で $799 ! 16

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Rosetta インストール方法

2017年7月12日 管理人 一般的な話題

ワシントン大学の David Baker らにより開発された高分子構造のモデリングソフト Rosetta のインストール方法について簡単に書きます。 参考:Rosetta の Scoring Function

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NHC-Pd 触媒を用いた溝呂木・ヘック反応に最適な汎関数!

2017年7月10日 管理人 ブログ, 計算テクニック

これまでも当サイトでは、Rh/Ru を用いた σ-bond activation に適した汎関数!や【Enthalpy】B3LYP での計算誤差について【Underestimation】や Diels-Alder 反応に

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F. Matthias Bickelhaupt マティアス・ビッケルハウプト

2017年6月28日 管理人 計算化学者

マティアス・ビッケルハウプト (F. Matthias Bickelhaupt 19xx年xx月xx日-) オランダの理論科学者(theoretical organic chemistry)。アムステルダム自由大学(Vr

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理研「京」5 期連続 1 位!【Graph500_2017June】

2017年6月24日 管理人 ニュース

先日 TOP500 と GREEN 500 の結果についてお伝えしましたが、Graph500 の結果も公開されました! 理研「京」5 期連続となる  1 位を獲得しました。その他、日本のスパコンでは TOP500 で 1

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歪曲・相互作用モデル distorsion/interaction model

2017年6月23日 管理人 用語解説, 計算テクニック

ケンダール・ハウク Kendall N. Houk が提唱したモデル。同様のモデルが諸熊 Mrokuma、ビッケルハウプト Bickelhaupt らにより提唱されているが、それぞれ reactant deformati

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