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  • YouTube動画で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • インターネット記事で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • ログイン機能を実装する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(5/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートにログイン機能を実装します。 特に、研究グループ全体で電子実験ノートをシェアする場合など、ログイン機能や権限の付与は非常に重要となってきます。 また

  • PHP でブラウザから job を投入する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(4/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートから計算機に job を投入し、同時にノートを作成する機能を実装していきます。 参考:電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)参考:

  • CRUD を実装!電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(3/5)

    前回の記事に続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、記述、閲覧、編集、削除などの、実験ノートに必要な基本的な機能を実装していきます。 これらの機能は Create, Read, Update, Delete の頭

  • リアルタイムで計算状況を表示するシステムの構築!【電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!】(2/5)

    本記事は、前回の記事(電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5))の続きになります。 今回は、リアルタイムで複数の計算機での job の実行状況を表示させるシステムの構築を行います。 初心者の方でも、PHP

  • 電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)

    管理人の大学院時代は、実験ノートは紙が当たり前でしたが、最近では電子実験ノート(Electronic Lab Notebook; ELN) がだいぶ普及しているようです。 電子実験ノートには様々なメリットがあります。例え

  • 分枝型拡張ヘテロ開裂反応の理論解析!〜divergent extended heterolytic fragmentations〜

    開裂反応というと、Eshenmoser 開裂や Mehta 開裂や Risch 開裂などが挙げられます(下図)。 このような結合の開裂を伴う fragmentation 反応は、分子骨格を構築する際の鍵反応として、全合成

  • 読み取りにくい SI の座標を簡単表示【python で OCR】

    SI の書き方は、研究室によって様々です。 丁寧に計算座標を何ページにも渡って貼り付けてくれる人もいれば、計算の input ファイルと output ファイルを supplementary material にしてくれ

  • Gauss View をカスタマイズしよう!その2【NMR の referenceを追加】

    計算化学が非常に身近になった現在では、実験化学者も簡単なスペクトル計算を活用して研究を進めているのではないでしょうか? 例えば、NMR 計算は、計算コストが小さく、もっとも手軽な計算の一つです。 参考:NMR計算のアドバ

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【AMD_Naples】正式名称はEPYCに決定!クロック数は2.8 GHz【基本スペックなど】

2017年5月18日 管理人 ニュース, ブログ, 一般的な話題

(トップ画像は、参考文献 1 より抜粋。) 以前から噂されていた AMD のサーバー向け CPU、Naples の情報が出ました。投資家向け会議 “2017 Financial Analyst Day&#82

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【TOP500】スパコンランキングの見方!【Graph500_Green500】

2017年5月15日 管理人 ブログ, 一般的な話題

【2017 年 11 月 14 日追記】 最新のスパコンランキングについては、以下の記事を参照してください。 日本勢が GREEN500 上位独占!注目の暁光は TOP500 第4位!スパコンランキング2017年11月

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【Threadripper】16コア Whitehaven に期待!【Ryzen9_AMD】

2017年5月12日 管理人 ニュース, ブログ

計算化学をやっている人なら、少しでも早く研究を進めるために性能の良い計算資源をより多く確保したいと思うかと思います。 特に論文の再投稿期限が迫っていて ”この 1 job に全てをかけるぜ!” みたいな時には高クロックの

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リーナス・テック・ティップス Linus Tech Tips

2017年5月7日 管理人 コンピューター関係の人物, 一般的な話題

リーナス・テック・ティップス Linus Tech Tips とは、カナダ人のリーナス・セバスティアン Linus Gabriel Sebastian (born August 20, 1986-) が公開している yo

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【Gaussian09】隠しコード?【Morokuma-energy-decomposition】

2017年5月2日 管理人 一般的な話題

今年初めに Gaussian 16 が発売されたのに伴い、Gaussian 社の HP が一新されました。 IOp の Reference も全て g16 対応のものとなってしまい、g09 用の IOp マニュアルは消え

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【Gaussian 16】デスクトップ PC で並列計算する際の注意点【Hyperthreading】

2017年4月28日 管理人 一般的な話題

最近のデスクトップ用 CPU は大変高性能になっており、intel の core i7 7700k は4.2 GHz (4.5 GHz) で4 core/8 thread、AMD の Ryzen 1800x は 3.6

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ドッキングシミュレーションのやり方【AutoDock vina】

2017年4月26日 管理人 計算テクニック

AutoDock は、タンパク質にリガンドをドッキングするドッキングシミュレーションに広く用いられています。他にもドッキングシミュレーション用のソフトはいくつもありますが、一番の特徴は無料であるということだと思います。

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Gaussian 16 vs 09 ベンチマーク

2017年4月20日 管理人 一般的な話題

今年発売された Gaussian 16 ! 新機能も気になるところですが、既存の Gaussian 09 とどれほどの差があるのかという点も気になります。 今回は、構造最適化、遷移状態構造の最適化、振動計算について2つを

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gaussian 16 Rev. A.03 は pascal 世代の GPU に未対応?

2017年4月19日 管理人 一般的な話題

先日、nVIDIA の GTX 1080 Ti を自作パソコンに入れました。 これからは GPGPU をフル活用していこうと思っており、これまで作ったプログラムを cuda 仕様に書き換えている今日この頃です。 さて、今

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nVIDIA で画面真っ暗【Linux】

2017年4月13日 管理人 一般的な話題

先日の記事で、Fedora 25 に無事 nVIDIA ドライバーと CUDA ToolKit 8.0 をインストールできたと書きました。しかし、その後いろいろと不具合があったため Fedora 23 へとヴァージョンを

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