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  • YouTube動画で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • インターネット記事で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • ログイン機能を実装する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(5/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートにログイン機能を実装します。 特に、研究グループ全体で電子実験ノートをシェアする場合など、ログイン機能や権限の付与は非常に重要となってきます。 また

  • PHP でブラウザから job を投入する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(4/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートから計算機に job を投入し、同時にノートを作成する機能を実装していきます。 参考:電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)参考:

  • CRUD を実装!電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(3/5)

    前回の記事に続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、記述、閲覧、編集、削除などの、実験ノートに必要な基本的な機能を実装していきます。 これらの機能は Create, Read, Update, Delete の頭

  • リアルタイムで計算状況を表示するシステムの構築!【電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!】(2/5)

    本記事は、前回の記事(電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5))の続きになります。 今回は、リアルタイムで複数の計算機での job の実行状況を表示させるシステムの構築を行います。 初心者の方でも、PHP

  • 電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)

    管理人の大学院時代は、実験ノートは紙が当たり前でしたが、最近では電子実験ノート(Electronic Lab Notebook; ELN) がだいぶ普及しているようです。 電子実験ノートには様々なメリットがあります。例え

  • 分枝型拡張ヘテロ開裂反応の理論解析!〜divergent extended heterolytic fragmentations〜

    開裂反応というと、Eshenmoser 開裂や Mehta 開裂や Risch 開裂などが挙げられます(下図)。 このような結合の開裂を伴う fragmentation 反応は、分子骨格を構築する際の鍵反応として、全合成

  • 読み取りにくい SI の座標を簡単表示【python で OCR】

    SI の書き方は、研究室によって様々です。 丁寧に計算座標を何ページにも渡って貼り付けてくれる人もいれば、計算の input ファイルと output ファイルを supplementary material にしてくれ

  • Gauss View をカスタマイズしよう!その2【NMR の referenceを追加】

    計算化学が非常に身近になった現在では、実験化学者も簡単なスペクトル計算を活用して研究を進めているのではないでしょうか? 例えば、NMR 計算は、計算コストが小さく、もっとも手軽な計算の一つです。 参考:NMR計算のアドバ

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Gaussian のスクラッチファイル

2017年4月7日 管理人 ブログ, 一般的な話題

Gaussian での計算中には、複数のスクラッチファイルが生成します。しかし、それぞれのファイルがどのような役割なのか、どうやって削除・保存するのかを知っている人はほとんどいないと思います。 そこで、本記事ではスクラッ

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Gaussian 16 を自作 PC で動かしてみた!

2017年4月6日 管理人 一般的な話題

先日の記事で自作 PC で Gauss View 6 を動かしてみました。 今回は、Gaussian 16 を自作 PC で動かしてみた時の様子について述べさせていただきたいと思います。g16 と g09 についても振動

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計算化学での非共有結合相互作用 (NCI)

2017年4月4日 管理人 一般的な話題, 計算テクニック

多くの実験科学者が計算化学もこなす現在、化合物の構造最適化くらいは誰でもできるという時代になってきました。 しかし、大変残念なことに、学会等を見ていると計算方法や解析方法が正しくないことも少なくありません。 例えば、水素

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自作 PC で Gauss View 6 を動かしてみた

2017年3月29日 管理人 一般的な話題

前回の記事では、先日作った自作 PC にCUDA ToolKit 8.0 をインストールしました。その後、Gaussian16、Gauss View6、Amber16、pymol、Gromacs、Autodock など様

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CUDA ToolKit 8.0 のインストール【Fedora25】

2017年3月24日 管理人 ブログ, 一般的な話題

管理人は、計算化学についてのブログを開設しているにも関わらず、GPU を用いた並列計算や Deep Learning の経験がありません。 そのため、自身で自作 PC を作成し GPU 並列計算や Deep Learni

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Fedora25 に nVIDIA のドライバーをインストール

2017年3月22日 管理人 ブログ, 一般的な話題

GPU を用いた並列計算や Deep Learning のため、先日自作 PC を作成しました。 今回は、nVIDIA の ドライバーのインストールについて書きます。 先日の記事では Scientific Linux を

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自作 PC を作ってみた!【OS 編】

2017年3月16日 管理人 ブログ, 一般的な話題

前回の記事では、自作 PC のハードウェアのセットアップのみ書きました。 今回は、OS のインストールについて書きます。 OS は Scientific Linux をインストールしました。当初は、無難に Ubuntu

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GPU を用いた並列計算

2017年3月14日 管理人 ブログ, 一般的な話題

近年、GPU を用いた並列計算が非常によく研究されています。Amber などの分動力学計算でも用いられていますし、今年発売されたGaussian 16 もGPU を用いた並列計算に対応したことから、注目度の高さとその有用

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自作 PC を作ってみた【ハード編】

2017年3月13日 管理人 ブログ, 一般的な話題

管理人は、これまでずっと Macbook Pro を使ってきましたが、現在の作業環境に限界を感じたため、自作 PC を作ることにしました。 現在使っている MacBook Pro (Retina, 13-inch, Ea

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バロン・ピーターズ Baron Peters

2017年2月24日 管理人 計算化学者

バロン・ピーターズ Baron Peters (19XX 年 X 月 X 日-) アメリカの計算化学者。カリフォルニア大学サンタバーバラ校准教授(Associate Professor)。 (トップ画像は、大学 HP よ

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