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  • YouTube動画で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • インターネット記事で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • ログイン機能を実装する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(5/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートにログイン機能を実装します。 特に、研究グループ全体で電子実験ノートをシェアする場合など、ログイン機能や権限の付与は非常に重要となってきます。 また

  • PHP でブラウザから job を投入する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(4/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートから計算機に job を投入し、同時にノートを作成する機能を実装していきます。 参考:電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)参考:

  • CRUD を実装!電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(3/5)

    前回の記事に続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、記述、閲覧、編集、削除などの、実験ノートに必要な基本的な機能を実装していきます。 これらの機能は Create, Read, Update, Delete の頭

  • リアルタイムで計算状況を表示するシステムの構築!【電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!】(2/5)

    本記事は、前回の記事(電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5))の続きになります。 今回は、リアルタイムで複数の計算機での job の実行状況を表示させるシステムの構築を行います。 初心者の方でも、PHP

  • 電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)

    管理人の大学院時代は、実験ノートは紙が当たり前でしたが、最近では電子実験ノート(Electronic Lab Notebook; ELN) がだいぶ普及しているようです。 電子実験ノートには様々なメリットがあります。例え

  • 分枝型拡張ヘテロ開裂反応の理論解析!〜divergent extended heterolytic fragmentations〜

    開裂反応というと、Eshenmoser 開裂や Mehta 開裂や Risch 開裂などが挙げられます(下図)。 このような結合の開裂を伴う fragmentation 反応は、分子骨格を構築する際の鍵反応として、全合成

  • 読み取りにくい SI の座標を簡単表示【python で OCR】

    SI の書き方は、研究室によって様々です。 丁寧に計算座標を何ページにも渡って貼り付けてくれる人もいれば、計算の input ファイルと output ファイルを supplementary material にしてくれ

  • Gauss View をカスタマイズしよう!その2【NMR の referenceを追加】

    計算化学が非常に身近になった現在では、実験化学者も簡単なスペクトル計算を活用して研究を進めているのではないでしょうか? 例えば、NMR 計算は、計算コストが小さく、もっとも手軽な計算の一つです。 参考:NMR計算のアドバ

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米エネルギー省が Exascale 地球シミュレーションシステムを公開

2018年5月14日 管理人 ニュース

4 年間の開発を経て、米国エネルギー省(DOE)は天候および他の地球システムの高分解能シミュレーションを実行するための計算プラットフォームである Energy Exascale Earth System Model(E3

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富士通が理研の AI スーパーコンピューターをアップグレード

2018年5月10日 管理人 ニュース

富士通は、最新の V100 Tesla GPU を搭載した NVIDIA DGX-1 サーバで理研の RAIDEN スーパーコンピュータを大幅にアップグレードしました。 TOP500 の NEWS 欄には、毎週スーパーコ

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DFT 計算での双極子モーメントの正確性【ベンチマーク】

2018年5月9日 管理人 ブログ, 一般的な話題

DFT 計算での双極子モーメントの正確性に関するベンチマークが マーティン・ヘッドゴードン Martin Head-Gordon のグループから発表されました。 “How Accurate Is Densit

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計算化学分野で女性の割合が増加!

2018年4月26日 管理人 ブログ, 一般的な話題

JCIM に計算化学分野での女性の割合が増えているという論文が出ていましたので、簡単に紹介したいと思います。 ちなみに管理人がアメリカで所属していた研究室は 7 割くらいが女性でした。 “Computatio

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AMD EPYC が Cray のスーパーコンピューターに!

2018年4月26日 管理人 ニュース

5 年ぶりに、Cray は AMD チップを搭載したスーパーコンピュータを販売する予定だそうです。同社は CS500 製品ラインに EPYC 7000 プロセッサーのサポートを追加したと発表しました。 TOP500 の

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Cope 転移を触媒する酵素【hapalindole 生合成】

2018年4月25日 管理人 一般的な話題

今年の初め頃、David Sherman と Kendal Houk らのグループから hapalindole 生合成での Cope 転移を触媒する酵素 HpiC1 の計算化学も含めた酵素解析の論文が発表されま

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励起状態でのプロトン移動の計算 Excited-State Proton Transfer Mechanism

2018年4月5日 管理人 ブログ, 一般的な話題

励起状態でのプロトン移動(ESPT: Excited-State Proton Transfer )は蛍光プローブや分子スイッチ、発光ダイオードなどの分子に関係していることから近年注目されている現象です。核酸塩基間でもこ

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NVIDIA がクラウド GPU による医療画像診断の革命を起こす!?

2018年4月1日 管理人 ニュース

NVIDIA が医療用画像診断のプロジェクト Project Clara について発表しました。このプログラムは、クラウド GPU サーバーの V100 上で実行可能ということです。 TOP500 の NEWS 欄には、

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OpenPower 注目を集める!

2018年3月31日 管理人 ニュース

Google のデータセンターに Power9 サーバが導入されることが決定したそうです。このことにより、OpenPower が注目を集めています。 参考:【TOP500】スパコンランキングの見方!【Graph500_G

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V100 GPU のメモリ容量が 32 GB へと増量

2018年3月30日 管理人 ニュース

昨年末に NVIDIA が発表した Volta 世代の GPU “V100“。なんと、16 GB だったメモリ容量が 32 GB へと倍増されたようです。 今年の GPU 技術会議で NVIDIA

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