プログラミング | 計算化学ポータルサイト

gaussian scan の結果を解析するプログラム

遷移状態構造の探索などを行う際に gaussian の modredundant の scan コマンドを使うことが多いと多います。通常は、log ファイルを gauss view で開いてエネルギーの山を探し、gau

Gaussian で ONIOM 法により計算を行う際に Tao Package を利用して input ファイルを作ると非常に楽です。 Tao Package は非常に便利なプログラムなのですが、何箇所か手作業でやらな

GRRM は非常に便利なソフトですが、log ファイルを GaussView で開くことができないという面倒な点があります。構造最適化計算の log ファイルであれば、末尾の座標情報を切り出してきて、input ファイ

スーパーコンピューターの計算速度の世界ランキング「ＴＯＰ５００」が発表されました。一位は、中国の神威太湖之光。日本は 6 位に「オークフォレスト・パックス」、7 位に「京」が入りました。引用元（トップ画像は、http

Gaussian での計算結果の log ファイルを見るとエネルギーは全て a.u. という単位で書かれています。論文等で使われる eV や kcal/mol 、kJ /mol を用いない理由は何なのでしょうか？英語版

計算化学の論文では、SI の座標情報を読み取りづらくしている場合が多く見受けられます。計算化学は、座標情報さえあれば簡単に論文を出せてしまうため仕方のない対策のように思われますが、先行研究を参考にしたい時に手間がかかり

以前、Amber Tool16 のインストールに際し、 ./configure -noX11 gnu を実行したところ 1. gcc のバージョンが対応していない 2. library not found for -lg

さて、前回の続きです。これから複雑なプログラムを作成していくと、ソースコードの量が増えていき、どんどん読みづらくなっていきます。また、使いまわしたい関数なども増えていきまが、いちいち以前作ったプログラムを開いてソースコ

今回は、解析プログラムの非常に初歩的なことについて解説します。分子座標の原子数の読み取り方です。

計算化学にプログラミングは必須ではありませんが、プログラミングを知っていると解析スピードが 100 倍くらい速くなります。しかし、大学で化学しか勉強してこなかった人にとってプログラミングは未知の領域！ほとんどの人はテキ