プログラミング | 計算化学ポータルサイト

gfortran のライブラリが見つからない。[Amber]

以前、Amber Tool16 のインストールに際し、 ./configure -noX11 gnu を実行したところ 1. gcc のバージョンが対応していない 2. library not found for -lg

さて、前回の続きです。これから複雑なプログラムを作成していくと、ソースコードの量が増えていき、どんどん読みづらくなっていきます。また、使いまわしたい関数なども増えていきまが、いちいち以前作ったプログラムを開いてソースコ

今回は、解析プログラムの非常に初歩的なことについて解説します。分子座標の原子数の読み取り方です。

今回は、Project Euler の 7 問目の解き方を紹介します。問題文は、次のようになっております。 By listing the first six prime numbers: 2, 3, 5, 7, 11,

計算化学にプログラミングは必須ではありませんが、プログラミングを知っていると解析スピードが 100 倍くらい速くなります。しかし、大学で化学しか勉強してこなかった人にとってプログラミングは未知の領域！ほとんどの人はテキ

計算化学で得られた三次元構造を学会発表等で使う方も多いとおもいます。しかし、普段からGauss Viewなどで三次元構造を見慣れている人でないと、どのような分子かを認識することは難しいです。三次元構造の横に、二次元の構

計算化学の結果を論文にする時、Supporting Information（以下SI）に座標情報を載せる必要があります。 SIの書式はGaussianのinputファイルやlogファイルとは異なっており、体裁を整える必要

前回の記事に引き続き、GRRMのlogファイルの読み方を解説します。今回は、IRCのlogファイルです。

計算化学は、Gaussian、GAMESS、AMBER、Auto Dock、GRRM、CUDA、vmd、NCIPLOT、GROMACS などなど様々なソフトウェアを駆使して行なうのが一般的だと思います。現在の主流なソフト