こんにちは。田中です。
私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者（素人）です。
そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか？（そもそも、理解できるのか？）」「結局、何か使える知識・スキルは身につくのか？」ということを、これから書いていく記事を通じて皆様にお伝えできればと思っています。また、私が学んでいく過程をご覧になる中で、もし一人でも多くの人が私と同様に計算化学に興味を持ってくれるということが起きたら、とても嬉しいです。
今回は本ブログの初回でご紹介した「学び方」の中で「書籍で学ぶ」ということを実施したので、紹介します。
具体的には、上記書籍から、次の方法で学びました。
・書籍を通じて、私なりのエッセンスを抽出
・感想の言語化
・この書籍を読む前（Before）と読んだ後（After）で、自身の状態を言語化
今回「第3章」に突入し、いよいよ、実際の分子シミュレーションソフトを動かしてみました。
前回までのように「1章ずつ」記事化するのは時間がかかりそうなので、小刻みに記事化していきます。
それでは早速、書いていきます。
機械・材料設計に生かす 実践分子動力学シミュレーション（第3章）
第3章では、汎用ソフトである富士通のSCIGRESS MEをダウンロードして、実際に動かしてみました。
今回、ダウンロードした無料で使えるソフトは「体験版」であるため、利用できる機能に制限はありました。
書籍を通じて、私なりのエッセンスを抽出
私にとってのエッセンスは、次の通りです。
■ SCIGRESS MEのダウンロード自体はとても簡単で、下記サイトより可能
http://www.scigress.com/scigress-me/download/sgme-sv/
■ 下図フローに従って計算を動かすこと自体は、ソフトのGUIがしっかりしているため、初心者でも可能
■ 今回、鉄（bcc構造）をインプットとして計算を走らせてみた
（その際、計算設定条件は書籍記載の条件を入力しただけ）
■ 故に「なぜ、その条件に設定したのか」を理解して「自ら合理的な条件設定をすること」が分子シミュレーションの難しい点であり、そこが学ぶべきポイントであると理解
感想の言語化
「分子シミュレーションを動かすこと自体は難しくはない」と思えたのが、私としては大きな収穫です（扱うソフトによるのかもしれませんが）。次回以降、例題に触れながら「条件設定の考え方」に踏み込んでいきます。
この書籍を読む前（Before）と読んだ後（After）で自身の状態を言語化
[Before]
分子シミュレーションは、初心者には触るのも難しそう・・・
[After]
分子シミュレーションに触ること自体は、そこまで難しくはなさそう。
今回は、ここまでにします。
次回も引き続き、今回の書籍を読み進めていこうと思います。
記事を読んでいただき、ありがとうございました。
