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カテゴリー: 一般的な話題

Overleaf で論文作成!

2018年7月30日 管理人 ブログ, 一般的な話題

昨年、ある雑誌に論文を投稿しようとしましたら、Word での template が存在せず LaTeX ファイルの template しかありませんでした。。。 新しく創刊された Open access の雑誌などで特に

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AutoDock のスコアファンクションはどれくらい正確か?CASF-2013 ベンチマーク

2018年7月27日 管理人 一般的な話題

創薬研究において、低分子医薬品のタンパク質への結合様式の情報は非常に重要です。 共結晶の取得が望ましいですが、結晶化が困難な場合も多いです。 そのような場合に、威力を発揮するのがドッキングシミュレーションです。 様々なド

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計算化学を用いた天然物の構造訂正

2018年6月25日 管理人 ブログ, 一般的な話題

多種多様な構造で我々を魅了してくれる天然物化合物。医薬品シードとしても有用なこれらの有機化合物の単離構造決定は世界中で盛んに行われています。 しかし、その構造の複雑さ・特殊さから構造を決めることが困難な場合も多数あります

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DFT 計算での双極子モーメントの正確性【ベンチマーク】

2018年5月9日 管理人 ブログ, 一般的な話題

DFT 計算での双極子モーメントの正確性に関するベンチマークが マーティン・ヘッドゴードン Martin Head-Gordon のグループから発表されました。 “How Accurate Is Densit

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計算化学分野で女性の割合が増加!

2018年4月26日 管理人 ブログ, 一般的な話題

JCIM に計算化学分野での女性の割合が増えているという論文が出ていましたので、簡単に紹介したいと思います。 ちなみに管理人がアメリカで所属していた研究室は 7 割くらいが女性でした。 “Computatio

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Cope 転移を触媒する酵素【hapalindole 生合成】

2018年4月25日 管理人 一般的な話題

今年の初め頃、David Sherman と Kendal Houk らのグループから hapalindole 生合成での Cope 転移を触媒する酵素 HpiC1 の計算化学も含めた酵素解析の論文が発表されま

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励起状態でのプロトン移動の計算 Excited-State Proton Transfer Mechanism

2018年4月5日 管理人 ブログ, 一般的な話題

励起状態でのプロトン移動(ESPT: Excited-State Proton Transfer )は蛍光プローブや分子スイッチ、発光ダイオードなどの分子に関係していることから近年注目されている現象です。核酸塩基間でもこ

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TOP500 は時代遅れ? 代替ベンチマークとしてHPCG に注目!

2018年3月23日 管理人 一般的な話題

スーパーコンピューターのランキングとして有名な TOP500 ですが、もう時代遅れなのでは?と何年も前から言われています。 最近では、より複雑な処理を行う HPCG というベンチマークが注目されています。 参考:【TOP

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原始地球上の非生物的条件下での核酸塩基の生成機構

2018年3月13日 管理人 ブログ, 一般的な話題

初めて地球上に生命が誕生したのは、約 40 億年前と考えられています。原始の地球には生命に必要な有機分子(アミノ酸,核酸塩基,糖,脂肪酸,炭化水素など)が豊富に存在していたと考えられています。ここからどのようにして生命が

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Lenovo HPC サーバを新発売、ドイツのトップスーパーコンピュータに!

2018年3月5日 管理人 一般的な話題

Lenovo が HPC サーバを新発売するそうです。すでにドイツのトップスーパーコンピュータSuperMUC-NG に導入されることが決定しました。 TOP500 の NEWS 欄には、毎週スーパーコンピューターに関す

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