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タグ: 論文紹介

GPP 合成酵素の QM/MM MD 計算

2019年2月19日 管理人 ブログ, 一般的な話題

テルペノイドは、これまでに 80,000 種以上の化合物が報告されている最大の天然物化合物群です(参考文献 1)。身近なところでは、メントールなどの香料、抗マラリア薬のアルテミシンから抗がん剤のタキソールまで構造・機能共

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プメラー型反応の反応機構は実はもっと複雑?【Pummerer Type Rearrangement】

2019年1月24日 管理人 一般的な話題

プメラー転位は、スルフォキシド類から対応する α 置換スルフィド類を合成する反応です。 最近、二種の生成物を与えるプメラー型反応での生成物の選択性が計算化学により明らかにされました。以下の文献を簡単に紹介したいと思います

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双性イオン中間体が鍵!有機触媒を用いた [6+4] 環化付加反応

2019年1月8日 管理人 一般的な話題

あけましておめでとうございます。 昨年 11 月、12 月は、多忙のため記事の更新ができませんでしたが、今年はもっと更新していきたいと思います。 さて、もう 4 ヶ月も前になってしまいますが、シンコナアルカロイド有機触媒

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Directed Evolution と De novo 酵素デザインを組合わせた研究例

2018年10月23日 管理人 ブログ, 一般的な話題

少し時間が経ってしまいましたが、今月初旬にノーベル賞が発表されましたね。 2018 年のノーベル化学賞はファージディスプレイ (Phage Display) と指向性進化法 (Directed Evolution) に授

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イオン液体の DMSO 中での酸性度の計算

2018年8月8日 管理人 ブログ, 一般的な話題

有機化学反応機構を考察する上で、pKa の値を知っておくことは非常に重要です。Evans や Bordwell などの pKa テーブルを使用している方も多いのではないでしょうか? しかし、pKa テーブルには載っていな

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計算化学を用いた天然物の構造訂正

2018年6月25日 管理人 ブログ, 一般的な話題

多種多様な構造で我々を魅了してくれる天然物化合物。医薬品シードとしても有用なこれらの有機化合物の単離構造決定は世界中で盛んに行われています。 しかし、その構造の複雑さ・特殊さから構造を決めることが困難な場合も多数あります

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DFT 計算での双極子モーメントの正確性【ベンチマーク】

2018年5月9日 管理人 ブログ, 一般的な話題

DFT 計算での双極子モーメントの正確性に関するベンチマークが マーティン・ヘッドゴードン Martin Head-Gordon のグループから発表されました。 “How Accurate Is Densit

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計算化学分野で女性の割合が増加!

2018年4月26日 管理人 ブログ, 一般的な話題

JCIM に計算化学分野での女性の割合が増えているという論文が出ていましたので、簡単に紹介したいと思います。 ちなみに管理人がアメリカで所属していた研究室は 7 割くらいが女性でした。 “Computatio

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Cope 転移を触媒する酵素【hapalindole 生合成】

2018年4月25日 管理人 一般的な話題

今年の初め頃、David Sherman と Kendal Houk らのグループから hapalindole 生合成での Cope 転移を触媒する酵素 HpiC1 の計算化学も含めた酵素解析の論文が発表されま

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励起状態でのプロトン移動の計算 Excited-State Proton Transfer Mechanism

2018年4月5日 管理人 ブログ, 一般的な話題

励起状態でのプロトン移動(ESPT: Excited-State Proton Transfer )は蛍光プローブや分子スイッチ、発光ダイオードなどの分子に関係していることから近年注目されている現象です。核酸塩基間でもこ

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