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  • YouTube動画で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • インターネット記事で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • ログイン機能を実装する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(5/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートにログイン機能を実装します。 特に、研究グループ全体で電子実験ノートをシェアする場合など、ログイン機能や権限の付与は非常に重要となってきます。 また

  • PHP でブラウザから job を投入する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(4/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートから計算機に job を投入し、同時にノートを作成する機能を実装していきます。 参考:電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)参考:

  • CRUD を実装!電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(3/5)

    前回の記事に続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、記述、閲覧、編集、削除などの、実験ノートに必要な基本的な機能を実装していきます。 これらの機能は Create, Read, Update, Delete の頭

  • リアルタイムで計算状況を表示するシステムの構築!【電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!】(2/5)

    本記事は、前回の記事(電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5))の続きになります。 今回は、リアルタイムで複数の計算機での job の実行状況を表示させるシステムの構築を行います。 初心者の方でも、PHP

  • 電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)

    管理人の大学院時代は、実験ノートは紙が当たり前でしたが、最近では電子実験ノート(Electronic Lab Notebook; ELN) がだいぶ普及しているようです。 電子実験ノートには様々なメリットがあります。例え

  • 分枝型拡張ヘテロ開裂反応の理論解析!〜divergent extended heterolytic fragmentations〜

    開裂反応というと、Eshenmoser 開裂や Mehta 開裂や Risch 開裂などが挙げられます(下図)。 このような結合の開裂を伴う fragmentation 反応は、分子骨格を構築する際の鍵反応として、全合成

  • 読み取りにくい SI の座標を簡単表示【python で OCR】

    SI の書き方は、研究室によって様々です。 丁寧に計算座標を何ページにも渡って貼り付けてくれる人もいれば、計算の input ファイルと output ファイルを supplementary material にしてくれ

  • Gauss View をカスタマイズしよう!その2【NMR の referenceを追加】

    計算化学が非常に身近になった現在では、実験化学者も簡単なスペクトル計算を活用して研究を進めているのではないでしょうか? 例えば、NMR 計算は、計算コストが小さく、もっとも手軽な計算の一つです。 参考:NMR計算のアドバ

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16 コア $750 から!AMD_EPYCの最新情報

2017年6月21日 管理人 ニュース

AMD の EPYC の正式な製品情報が公開されました。計 12 製品が発売され、一番安いものは、16 core/32 thread で $750 だそうです!! これだけ安いと試しに買ってみようかなって思ってしまいます

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スパコンランキング発表!日本はGREEN500上位独占!【2017年6月】

2017年6月19日 管理人 ニュース

先日の記事でも予告した通り、ドイツ・フランクフルト市で開催されているスーパーコンピューターに関する国際会議 “ISC HIGH PERFORMANCE 2017(ISC 2017)” にてスパコンランキングの TOP50

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【スパコン】神威・太湖之光【中国】

2017年6月16日 管理人 一般的な話題

スーパーコンピューターの性能比較を行うランキング TOP500 で 2016 年 6 月に世界1位となった中国のスーパーコンピューター神威・太湖之光! TOP500 を2連覇中(2017年5月現在)にも関わらず、日本のメ

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科学技術 “米中2強” 時代へ

2017年6月15日 管理人 ニュース

技術革新の源泉となる科学研究論文で、コンピューター科学や化学など4分野で中国が世界トップにたったことが文部科学省所管の科学技術振興機構の調査でわかった。主要8分野を米国と分け合った形で、米国1強から「米中2強」の時代に突

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サーバー移転のお知らせ

2017年6月14日 管理人 ニュース

いつも 計算化学.com を閲覧いただきありがとうございます。 現在、計算化学.com は日本語の記事を中心に展開しており、日本国内のサーバーを使用しておりますが、今後は英語版サイトを中心に展開していくため、アメリカ国内

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GRRMチュートリアル2017【告知】

2017年6月13日 管理人 ニュース

本サイトでも何回か紹介している反応経路自動探索ツール GRRM の講習会「GRRMチュートリアル2017」が開催されます。 【2017.06.14 追記】 参加申込は締め切られました。 日時: 7月4日(火)10:00-

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Rh(II) 触媒を用いたインドール合成の計算化学【反応機構解析】

2017年6月12日 管理人 ブログ, 一般的な話題

先日、Rh/Ru を用いた σ-bond activation に適した汎関数について紹介しました。 今回の記事では、実際に Rh を用いたインドール合成についての計算化学を用いた反応機構解析について書いてみたいと思いま

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ab initio 計算の高速化 OpenCL vs CUDA【AMD FIREPRO】

2017年6月8日 管理人 ブログ, 一般的な話題

今年発売された gaussian16 ですが、様々な新機能が追加されましたが、その一つに GPU 対応になったということがありました。昨今のディープラーニングブームや AI、自動運転などあらゆる場面で GPU は使用され

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Rh/Ru を用いた σ-bond activation に適した汎関数!

2017年6月6日 管理人 一般的な話題, 計算テクニック

先日の記事:【Enthalpy】B3LYP での計算誤差について【Underestimation】 ではオレフィン環化反応の計算に最適な汎関数について紹介しました。今回の記事では Rh または Ru を用いた-bond

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有機分子の分子間力: Ab initio 分子軌道法による分子間相互作用エネルギーの解析【書籍紹介】

2017年5月25日 管理人 書籍

以前の記事: “計算化学での非共有結合相互作用 (NCI)” で触れましたが、計算化学の強みの一つとして分子間相互作用のエネルギーを定量化できることがあげられます。 しかし、分子間相互作用を適切な

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