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  • YouTube動画で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • インターネット記事で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • ログイン機能を実装する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(5/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートにログイン機能を実装します。 特に、研究グループ全体で電子実験ノートをシェアする場合など、ログイン機能や権限の付与は非常に重要となってきます。 また

  • PHP でブラウザから job を投入する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(4/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートから計算機に job を投入し、同時にノートを作成する機能を実装していきます。 参考:電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)参考:

  • CRUD を実装!電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(3/5)

    前回の記事に続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、記述、閲覧、編集、削除などの、実験ノートに必要な基本的な機能を実装していきます。 これらの機能は Create, Read, Update, Delete の頭

  • リアルタイムで計算状況を表示するシステムの構築!【電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!】(2/5)

    本記事は、前回の記事(電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5))の続きになります。 今回は、リアルタイムで複数の計算機での job の実行状況を表示させるシステムの構築を行います。 初心者の方でも、PHP

  • 電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)

    管理人の大学院時代は、実験ノートは紙が当たり前でしたが、最近では電子実験ノート(Electronic Lab Notebook; ELN) がだいぶ普及しているようです。 電子実験ノートには様々なメリットがあります。例え

  • 分枝型拡張ヘテロ開裂反応の理論解析!〜divergent extended heterolytic fragmentations〜

    開裂反応というと、Eshenmoser 開裂や Mehta 開裂や Risch 開裂などが挙げられます(下図)。 このような結合の開裂を伴う fragmentation 反応は、分子骨格を構築する際の鍵反応として、全合成

  • 読み取りにくい SI の座標を簡単表示【python で OCR】

    SI の書き方は、研究室によって様々です。 丁寧に計算座標を何ページにも渡って貼り付けてくれる人もいれば、計算の input ファイルと output ファイルを supplementary material にしてくれ

  • Gauss View をカスタマイズしよう!その2【NMR の referenceを追加】

    計算化学が非常に身近になった現在では、実験化学者も簡単なスペクトル計算を活用して研究を進めているのではないでしょうか? 例えば、NMR 計算は、計算コストが小さく、もっとも手軽な計算の一つです。 参考:NMR計算のアドバ

計算化学ポータルサイト

Gauss View をカスタマイズしよう!その2【NMR の referenceを追加】

2020年1月9日 管理人 一般的な話題

計算化学が非常に身近になった現在では、実験化学者も簡単なスペクトル計算を活用して研究を進めているのではないでしょうか? 例えば、NMR 計算は、計算コストが小さく、もっとも手軽な計算の一つです。 参考:NMR計算のアドバ

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虚振動に沿って動かせ!【IRC最後の一手】

2019年12月26日 管理人 一般的な話題

当ウェブサイトでは、IRC 計算がうまくいかない場合の解決方法についてまとめた記事を発表しました。 参考:IRC 計算がうまくいかない時の対処方法 この記事の中では、アルゴリズムの変更や GRRM の使用などを解決策とし

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RSS と Python を組み合わせて、新着文献を自動ダウンロード+メールで送付

2019年12月17日 管理人 一般的な話題

研究者にとって、日々の新着論文チェックは非常に重要です。 実際にジャーナルのトップページに行き新着文献をチェックするのも良いとは思いますが、最近では多くの研究者が新着論文のチェックに RSS を活用していると思います。

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1,2-ヒドリドシフトと 1,2-プロトンシフトはどちらが正しいのか?

2019年12月5日 管理人 一般的な話題

1,2-ヒドリド移動反応は、有機化学の教科書や論文などで、カルボカチオンの項に登場します。 実際に、インターネットで「ヒドリドシフト」と検索すると、こちらの資料やこちらのテストが検索上位に来ます。これらの資料内では、基質

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富岳が Green500 で一位獲得!【2019年11月スパコンランキング】

2019年11月19日 管理人 一般的な話題

米国で開催中のハイパフォーマンスコンピューティング(HPC)に関する国際会議である「SC19」にて、最新のスパコンランキングが発表されました(2019 年 11 月)。 日本のスパコンが Green500 の 1, 2位

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NSF が新しいAIプログラムを発表! 来年の予算に1億2000万ドルを計画

2019年10月10日 管理人 一般的な話題

When you’re hot, you’re hot. という諺が指すように、現在 AI 分野が非常に熱いです。本日、アメリカ国立科学財団(NSF)は、AI の研究を牽引する新たなプログラムである “The

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GRRM の IRC の計算結果を可視化するプログラム【GRRM】

2019年9月24日 管理人 一般的な話題

GRRM は非常に強力な化学反応経路自動探索プログラムです。本サイトでも、これまで AFIR をはじめとしたいくつかの機能を紹介してきました。 参考:AFIR の計算結果を素早く可視化するプログラム参考:GRRM の振動

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Johan Åqvist ヨハン・オフィスト

2019年9月19日 管理人 計算化学者

(トップ画像は、大学の HP より拝借) ヨハン・オフィスト(Johan Åqvist、1959年xx月xx日-)はスウェーデンの生物物理学者である。スウェーデン・ウプサラ大学教授。現在、ノーベル賞委員会(化学)の委員。

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コンフォメーション探索の後処理

2019年9月18日 管理人 プログラミング

計算化学を用いた反応機構解析を行う上で、コンフォメーション探索は非常に重要です。これまでも本サイトではコンフォメーション探索についての記事を公開してきました。 MD 計算を利用したコンフォメーション探索【gromacs】

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Ryzen 3900x の Gaussian ベンチマーク【AMD Zen2】

2019年9月6日 管理人 一般的な話題

前回の記事で Ryzen 3900x に Fedora30 を install したことを報告しました。 今回の記事では、Ryzen 3900x の Gaussian16 ベンチマークを公開して行きたいと思います。 テス

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