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  • YouTube動画で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • インターネット記事で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • ログイン機能を実装する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(5/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートにログイン機能を実装します。 特に、研究グループ全体で電子実験ノートをシェアする場合など、ログイン機能や権限の付与は非常に重要となってきます。 また

  • PHP でブラウザから job を投入する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(4/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートから計算機に job を投入し、同時にノートを作成する機能を実装していきます。 参考:電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)参考:

  • CRUD を実装!電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(3/5)

    前回の記事に続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、記述、閲覧、編集、削除などの、実験ノートに必要な基本的な機能を実装していきます。 これらの機能は Create, Read, Update, Delete の頭

  • リアルタイムで計算状況を表示するシステムの構築!【電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!】(2/5)

    本記事は、前回の記事(電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5))の続きになります。 今回は、リアルタイムで複数の計算機での job の実行状況を表示させるシステムの構築を行います。 初心者の方でも、PHP

  • 電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)

    管理人の大学院時代は、実験ノートは紙が当たり前でしたが、最近では電子実験ノート(Electronic Lab Notebook; ELN) がだいぶ普及しているようです。 電子実験ノートには様々なメリットがあります。例え

  • 分枝型拡張ヘテロ開裂反応の理論解析!〜divergent extended heterolytic fragmentations〜

    開裂反応というと、Eshenmoser 開裂や Mehta 開裂や Risch 開裂などが挙げられます(下図)。 このような結合の開裂を伴う fragmentation 反応は、分子骨格を構築する際の鍵反応として、全合成

  • 読み取りにくい SI の座標を簡単表示【python で OCR】

    SI の書き方は、研究室によって様々です。 丁寧に計算座標を何ページにも渡って貼り付けてくれる人もいれば、計算の input ファイルと output ファイルを supplementary material にしてくれ

  • Gauss View をカスタマイズしよう!その2【NMR の referenceを追加】

    計算化学が非常に身近になった現在では、実験化学者も簡単なスペクトル計算を活用して研究を進めているのではないでしょうか? 例えば、NMR 計算は、計算コストが小さく、もっとも手軽な計算の一つです。 参考:NMR計算のアドバ

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ホフマンがやって来る!

2018年9月27日 管理人 一般的な話題

福井謙一生誕百年記念事業のメモリアルシンポジウム(10月12日、京都)にロアルド・ホフマン(Roald Hoffmann) がやってくるそうです。 化学をやっている人にとっては、ウッドワード・ホフマン則でもお馴染みの方で

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ダニエル・シングルトン Daniel Singleton

2018年8月29日 管理人 計算化学者

(トップ画像は、彼の研究室の HP より拝借) ダニエル・A・シングルトン(Daniel A. Singleton、19xx年xx月xx日-)は米国の有機化学・計算化学者である。米テキサス A&M 大学教授。

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もしも計算化学プログラム自体にミスがあったら、、、

2018年8月27日 管理人 ブログ, 一般的な話題

計算化学者は、Developper と User の大きく二つのグループに分けられると思います。 計算化学 User の人には、実験化学者の人も多く、計算化学ソフトウェアをブラックボックス的な感じで使っている人も多く、具

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イオン液体の DMSO 中での酸性度の計算

2018年8月8日 管理人 ブログ, 一般的な話題

有機化学反応機構を考察する上で、pKa の値を知っておくことは非常に重要です。Evans や Bordwell などの pKa テーブルを使用している方も多いのではないでしょうか? しかし、pKa テーブルには載っていな

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Overleaf で論文作成!

2018年7月30日 管理人 ブログ, 一般的な話題

昨年、ある雑誌に論文を投稿しようとしましたら、Word での template が存在せず LaTeX ファイルの template しかありませんでした。。。 新しく創刊された Open access の雑誌などで特に

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AutoDock のスコアファンクションはどれくらい正確か?CASF-2013 ベンチマーク

2018年7月27日 管理人 一般的な話題

創薬研究において、低分子医薬品のタンパク質への結合様式の情報は非常に重要です。 共結晶の取得が望ましいですが、結晶化が困難な場合も多いです。 そのような場合に、威力を発揮するのがドッキングシミュレーションです。 様々なド

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32 コア Threadripper2、2018 年夏に発売予定【AMD】

2018年7月25日 管理人 ニュース

AMD から Threadripper 2 が発表されました。現在のところ 8 月 13 日に市場に投入予定と言われています。 驚くべきは、そのコア数! 32-core/64-thread の Ryzen Threadr

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Top500 で大きな順位変動!日本は 5 位。Green 500 は上位独占、HPCG は 3 位後退。【2018年6月】

2018年6月26日 管理人 ニュース

2018 年 6 月のスパコンランキング TOP500 と GREEN500 が発表されました。スパコンの単純な計算性能を競う TOP500 では、今回大きな順位変動が起きました。アメリカのスパコンが新たに1位と3位にラ

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計算化学を用いた天然物の構造訂正

2018年6月25日 管理人 ブログ, 一般的な話題

多種多様な構造で我々を魅了してくれる天然物化合物。医薬品シードとしても有用なこれらの有機化合物の単離構造決定は世界中で盛んに行われています。 しかし、その構造の複雑さ・特殊さから構造を決めることが困難な場合も多数あります

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Cavium 社が ThunderX2 ARM プロセッサーをリリース!

2018年6月7日 管理人 ニュース

Cavium は ThunderX2 プロセッサーを一般向けにリリースしました。ARM 搭載の第 1 世代高性能コンピューターに向けたものと思われます。 TOP500 の NEWS 欄には、毎週スーパーコンピューターに関

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