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  • YouTube動画で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • インターネット記事で、計算化学について学んでみました

    こんにちは。田中です。 私は、計算化学やシミュレーションに関しては、全くの初心者(素人)です。そんな私が、これから計算化学を学んでいくわけですが、「素人が計算化学を学んで、何をどう理解していくのか?(そもそも、理解できる

  • ログイン機能を実装する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(5/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートにログイン機能を実装します。 特に、研究グループ全体で電子実験ノートをシェアする場合など、ログイン機能や権限の付与は非常に重要となってきます。 また

  • PHP でブラウザから job を投入する。電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(4/5)

    前回に引き続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、電子実験ノートから計算機に job を投入し、同時にノートを作成する機能を実装していきます。 参考:電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)参考:

  • CRUD を実装!電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(3/5)

    前回の記事に続き、電子実験ノートの自作の記事です。 今回は、記述、閲覧、編集、削除などの、実験ノートに必要な基本的な機能を実装していきます。 これらの機能は Create, Read, Update, Delete の頭

  • リアルタイムで計算状況を表示するシステムの構築!【電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!】(2/5)

    本記事は、前回の記事(電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5))の続きになります。 今回は、リアルタイムで複数の計算機での job の実行状況を表示させるシステムの構築を行います。 初心者の方でも、PHP

  • 電子実験ノートを自作してみた!導入コストゼロ!(1/5)

    管理人の大学院時代は、実験ノートは紙が当たり前でしたが、最近では電子実験ノート(Electronic Lab Notebook; ELN) がだいぶ普及しているようです。 電子実験ノートには様々なメリットがあります。例え

  • 分枝型拡張ヘテロ開裂反応の理論解析!〜divergent extended heterolytic fragmentations〜

    開裂反応というと、Eshenmoser 開裂や Mehta 開裂や Risch 開裂などが挙げられます(下図)。 このような結合の開裂を伴う fragmentation 反応は、分子骨格を構築する際の鍵反応として、全合成

  • 読み取りにくい SI の座標を簡単表示【python で OCR】

    SI の書き方は、研究室によって様々です。 丁寧に計算座標を何ページにも渡って貼り付けてくれる人もいれば、計算の input ファイルと output ファイルを supplementary material にしてくれ

  • Gauss View をカスタマイズしよう!その2【NMR の referenceを追加】

    計算化学が非常に身近になった現在では、実験化学者も簡単なスペクトル計算を活用して研究を進めているのではないでしょうか? 例えば、NMR 計算は、計算コストが小さく、もっとも手軽な計算の一つです。 参考:NMR計算のアドバ

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Ryzen 3000 シリーズに Linux をインストール【AMD Zen2】

2019年9月5日 管理人 一般的な話題

7月7日に発売された Ryzen 3000 シリーズ! シングルスレッド性能マルチスレッド性能ともに対抗の Intel の CPU に勝っている上に、価格は約半額というコスパの良さから発売前から注目を集めていました! 管

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クリップボード上の分子を GaussView で表示【Python】

2019年7月16日 管理人 ブログ, プログラミング, 一般的な話題

量子化学計算の出力ファイルには、たくさんの座標情報が含まれています。 効率よく計算を進めて行く上で、計算の途中経過を定期的にチェックすることはとても大切です。 しかし、計算途中の出力ファイルを計算系からダウンロードして、

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論文 PDF のダウンロードを効率化!【Webスクレイピング 第2回】

2019年7月2日 管理人 一般的な話題

前回の記事では、python スクリプトを用いてジャーナル website で文献を検索する方法について紹介しました。 第2回目の本記事では、selenium を使ってジャーナル website からあるキーワードを含む

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【スパコンランキング2019年6月】米中がトップ5を占める。日本は8位に後退【Top500】

2019年6月20日 管理人 ニュース

【2019 年 11 月発表の最新のランキングは、こちらの記事を参照してください。】 2019 年 6 月のスパコンランキング TOP500 と GREEN500 が発表されました。 今回は、とりわけニュースにするような

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【訃報】Roothaan 博士が死去

2019年6月19日 管理人 ニュース

ローターン方程式 (Roothaan equation) でも有名な Clemens C. J. Roothaan 博士が 6 月 17 日に死去されたそうです。100 歳 での大往生でした。 Wikipedia の記事

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ZEN2 世代 CPU に期待!【計算化学】

2019年6月17日 管理人 一般的な話題

AMD の ZEN2 世代の CPU が 7 月 7 日に発売されます! 初の 7 nm プロセスルールで作られた CPU が、量子化学計算などで、どの程度の性能を示すか注目です! 近年 AMD が発表してきた Ryze

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Webスクレイピング で文献検索を効率化!第1回【Python】

2019年6月11日 管理人 ブログ, プログラミング, 一般的な話題

最近、記事の更新がめっきり遅くなってしまいました。 4, 5 月は、Review を書いたり、普通の投稿論文を書いたり、申請書の締め切りがあったりで全く時間が取れませんでした。 特に、Review 執筆時は、多数の文献を

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「京」の後継機は「富岳」【理研スーパーコンピューター】

2019年5月31日 管理人 ニュース

5 月 23 日に、理化学研究所のスーパーコンピューター「京」の後継機が発表されました。 「富岳(ふがく)」という名称です。「富岳」は富士山の別名で、山の高さが性能の高さを示し、すそ野の広がりは利用範囲の広さを連想させる

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JACS の Editor Reject を一単語で表現する

2019年3月25日 管理人 一般的な話題

化学系の研究者が目指すトップジャーナルと言えば JACS です。Nature Chemistry の方がインパクトファクターが高かったり、Nature communication の方がプレスリリースがよく出たりしますが

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【スパコン】Trinity【アメリカ】

2019年3月24日 管理人 一般的な話題

(トップ画像は、こちらのページより転載。) ニューメキシコの Los Alamos National Laboratory に設置されているスーパーコンピューター。スパコンの世界ランキングである TOP500 では、現在

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