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作者別: 管理人

Rosetta を用いた非極性分子の Docking Simulation

2019年4月17日 管理人 一般的な話題

Rosetta はワシントン大学の David Baker らの開発したタンパク質モデリングソフトです。人工酵素のデザインや膜タンパクの設計など、ここでは書ききれないほど数々の計算にて活躍してきています(参考文献 1-6

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第22回 理論化学討論会 に参加します

2019年4月10日 管理人 ニュース

管理人は、2019年5月27〜29日に北海道大学で開催される第22回理論化学討論会に参加します。 当サイトの読者の方で参加される方がおりましたら、一緒に食事などいかがですか?26日から現地入りするので、26日の夜でも開催

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スーパーコンピューターとデスクトップの違い【DFT計算】

2019年3月27日 管理人 一般的な話題

計算化学を始めたばかりの人と懇親会などでお話しすると、計算機についてよく質問されます。 計算化学を専門にやっているってことは、すごい計算機使っているんですか? とか 自分はデスクトップで計算しているから計算にすごい時間が

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JACS の Editor Reject を一単語で表現する

2019年3月25日 管理人 一般的な話題

化学系の研究者が目指すトップジャーナルと言えば JACS です。Nature Chemistry の方がインパクトファクターが高かったり、Nature communication の方がプレスリリースがよく出たりしますが

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【スパコン】Trinity【アメリカ】

2019年3月24日 管理人 一般的な話題

(トップ画像は、こちらのページより転載。) ニューメキシコの Los Alamos National Laboratory に設置されているスーパーコンピューター。スパコンの世界ランキングである TOP500 では、現在

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国際学術無線 LAN eduroam の勧め

2019年3月5日 管理人 一般的な話題

3 月は、いろいろな学会の年会があると思います。 出張先で非常に心配になるのが、Wi-fi 環境の有無です。 計算化学をやっていれば、少しでも時間が空けばスパコンに接続して計算状況を確認したくなるのが普通だと思います。

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GPP 合成酵素の QM/MM MD 計算

2019年2月19日 管理人 ブログ, 一般的な話題

テルペノイドは、これまでに 80,000 種以上の化合物が報告されている最大の天然物化合物群です(参考文献 1)。身近なところでは、メントールなどの香料、抗マラリア薬のアルテミシンから抗がん剤のタキソールまで構造・機能共

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プメラー型反応の反応機構は実はもっと複雑?【Pummerer Type Rearrangement】

2019年1月24日 管理人 一般的な話題

プメラー転位は、スルフォキシド類から対応する α 置換スルフィド類を合成する反応です。 最近、二種の生成物を与えるプメラー型反応での生成物の選択性が計算化学により明らかにされました。以下の文献を簡単に紹介したいと思います

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NBO 計算結果の可視化方法!

2019年1月18日 管理人 ブログ, プログラミング, 計算テクニック

Gaussian で NBO 計算し、軌道を表示しようとすると、log ファイルの軌道番号と Gauss View 上の番号が一致しないという思わぬトラブルに遭遇します。 今回の記事では、NBO の可視化方法についてのマ

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Deep Learning を気象予測へ_Top500 News No.22_

2019年1月16日 管理人 一般的な話題

TOP500 の NEWS 欄には、毎週スーパーコンピューターに関する最新情報が報告されています。残念ながら、日本のメディアではほとんど報道されません。 当ウェブサイトでは、それらのニュースを定期的に日本語で紹介していき

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